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ATTED-II: Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database

運用機関: 東北大学, 東京大学　医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター

説明: ATTED-IIは、シロイヌナズナを中心とした植物の遺伝子共発現データを提供するデータベースです。AtGenExpress (TAIR)、ArrayExpressからのマイクロアレイデータと、DDBJからのRNAseqデータを... 詳細へ

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Atlas (ISH Data Base) （アーカイブ）

運用機関: 筑波大学大学院生命環境科学研究科

生物種: Dictyostelium discoideum AX2

説明: 細胞性粘菌 Dictyostelium discoideum AX2 株 cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridizationに基づく空間的遺伝子発現情報（画像）を収録したデータベースです。シンプルな発生... 詳細へ

AtGenExpress

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: 理化学研究所植物科学研究センターがMaxPlank研究所などと協力して、植物において初めて大規模なトランスクリプトームデータ（Affymetrixチップ1000枚以上）を収集して公開した「AtGenExpres... 詳細へ

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ASTRA （アーカイブ）: Alternative Splicing and Transcription Archives

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

説明: ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネについて、選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンを収集したデータベースです。独自のアルゴリズムを用いて、ゲノム塩基... 詳細へ

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(14日以上)

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ASSETs: Alternative Splicing Sequence Enriched Tags

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Mus musculus

説明: 二つのマウス細胞株（メラノサイト、メラノーマ）由来の完全長cDNA ライブラリから選択的スプライシングライブラリ(Alternative Splicing Library: ASL)を構築し、そこから濃縮した選択的ス... 詳細へ

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CAoGD: Comprehensive Aspergillus oryzae Genome Database

運用機関: 独立行政法人酒類総合研究所

生物種: Aspergillus oryzae RIB40

説明: 麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベースです。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には、酒類総合研究所のRIB40株が使われました。ゲノムの遺伝子アノテーションに対するキーワー... 詳細へ

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AS-ALPS: Alternative splicing-induced ALteration of Protein Structure

運用機関: 長浜バイオ大学

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 遺伝子機能の多様化に重要な役割を果たす現象と考えられている選択的スプライシングが、タンパク質の立体構造や機能にどのような影響を与え得るかについてコンピュータにより解析した結果を... 詳細へ

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ARSA: All-round Retrieval of Sequence and Annotation

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ センター

生物種:

説明: DDBJがWWWならびにWeb APIで提供している高速なキーワード検索サービスです。国際塩基配列データベースのほか、生命科学分野の主要なデータベースに対して統合的な検索を行うことができます... 詳細へ

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Ares lab Yeast Intron Database

運用機関: University of California, Santa Cruz

生物種: Saccharomyces cerevisiae

説明: 真核ゲノムのスプライシングパターンや制御を理解するために、酵母ORFのイントロン情報やスプライシング因子破壊株のマイクロアレイデータを蓄積しています。各エントリーには、ORF名、イン... 詳細へ

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(14日以上)

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Arabidopsis thaliana project

運用機関: Helmholtz Zentrum Munchen

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: ドイツのシロイヌナズナゲノム解析グループのホームページです。クローンやコンティグ、遺伝子情報を公開しています。データベースMatDBでは、シロイヌナズナゲノムデータベースであるMIPS、... 詳細へ

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(14日以上)

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Arabidopsis thaliana EST Index

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: かずさDNA研究所で決定したシロイヌナズナのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。詳細へ

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AQUA DNABook

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所

生物種:

説明: ヒラメの遺伝地図作成に用いたマイクロサテライトマーカーと魚病診断に用いるプライマーをスポットしたDNAブックです。コイヘルペスなど病原体17種類のDNA断片と、ヒラメやマダイなどの耐病... 詳細へ

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AphidBase: The Aphid Genome Database

運用機関: Institut national de la recherche agronomique

生物種: Acyrthosiphon

説明: アブラムシゲノム解析コンソーシアムによる成果として、エンドウヒゲナガアブラムシのドラフト配列とアノテーションを公開しています。各種プログラムによる自動的な遺伝子予測結果に加え、... 詳細へ

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The Androgen Receptor Gene Mutations Database World Wide Web Server

運用機関: Lady Davis Institute for Medical Research

生物種: Homo sapiens

説明: アンドロゲン(男性ホルモン)受容体変異データベースです。PDFファイルによる一覧と、FileMakerPro用データベースファイルのダウンロードによりデータが得られます。詳細へ

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(10日目)

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Analysis of CASP8 targets and predictions

運用機関: University of Texas Southwestern Medical Center

生物種:

説明: CASP8に参加したグループの予測構造と、その評価を納めたデータベースです。各グループの予測構造はPyMOLを用いて表示することができます。詳細へ

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(14日以上)

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Aminoacyl-tRNA synthetases database

運用機関: Poznan Supercomputing and Networking Center

生物種:

説明: 既知のすべてのアミノアシル-tRNA合成酵素のアミノ酸配列を集積しているデータベースです。対応するアミノ酸や生物種により分類されています。X線回折やNMRで解析した三次元構造も掲載されて... 詳細へ

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Allie: A Search Service for Abbreviation / Long Form

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: 文献中に多く出現する略語は多義語であることが多く、特に専門外の読者には理解するのに困難を伴うことがあります。Allieはこの問題に対する一つの解となるよう開発されており、米国国立保健... 詳細へ

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Algae Resource Database

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生物遺伝資源情報総合センター

生物種: Chlorophyta

説明: 藻類に関する株情報の検索、寄託情報、遺伝子情報、藻類の画像、文献情報を検索することができます。その他、株の分譲に関する情報も得ることができます。詳細へ

addgene

運用機関: Addgene

説明: Addgeneは、研究者にプラスミドを分配する非営利組織です。数百の研究室と共同で、論文発表で用いた高品質なプラスミドのライブラリを収集し、プラスミドレポジトリを構築しています。プラス... 詳細へ

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(14日以上)

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ACLAME: A CLAssification of Mobile genetic Elements

運用機関: Universite Libre de Bruxelles

生物種: Eukaryota | Bacteria | Viruses

説明: ファージゲノムやプラスミド、トランスポゾンを含む、原核生物の全ての既知の可動性遺伝因子(Mobile Genetic Elements; MGEs)の収集とクラス分けを行ったデータベースです。ゲノムや遺伝子の... 詳細へ

A List of Biodiversity Websites in Japan

運用機関: 法政大学

生物種: Eukaryota | Bacteria | Viruses

説明: ネット上に存在する生物多様性関連のWebサイト454件のリンク集です。各生物種ごと、あるいは標本ごとにWebページが存在し、各々について種の特徴が判別できる精細な画像と、その撮影場所、年... 詳細へ

ostogenesis imperfecta & Ehlers-Danlos syndrome variant databases

運用機関: University of Leicester　Department of Genetics

生物種: Homo sapiens

説明: 骨形成不全症とエーラー・ダンロス症候群を引き起こすと報告されている全ての遺伝子の変異情報を収録することを目的としています。骨形成不全症では、COL1A1, COL1A2, CRTAP, FKBP10, LEPRE1... 詳細へ

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5S Ribosomal RNA Database

運用機関: Department of Computational Biology, Adam Mickiewicz University

生物種: Eukaryota | Bacteria | Archaea

説明: 古細菌、真正細菌、真核生物の5S rRNAの塩基配列を提供しているデータベースです。二次構造や三次構造、修飾分子の情報も掲載されています。詳細へ

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(14日以上)

3DMET: A three-dimensional-structure database of natural metabolites

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種:

説明: 天然分子の三次元構造、物性値を閲覧することができます。細胞内での分子認識においては三次元構造が重要であり、特に農業分野で利用できる（農薬の設計、食品の成分分析等）天然物を中心に... 詳細へ

木材データベース

運用機関: 国立研究開発法人森林研究・整備機構森林総合研究所

生物種:

説明: 木材標本庫所蔵の顕微鏡像、表面観、さく葉標本像、採集時の画像、種名、採集情報を掲載しています。詳細へ

休止
(14日以上)

文部科学省特定領域研究ゲノム研究のホームページ研究成果情報

運用機関: 文科省科研費ゲノム4領域特定領域「ゲノム」

生物種:

説明: 文部科学省は、5年単位プロジェクトの4代目として、2005年4月に「特定領域研究ゲノム」をスタートさせました。このプロジェクトの研究成果情報を、カテゴリ、期間、領域、受付番号、氏名、キ... 詳細へ

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Database for Genetic Engineering of Microalgae (微細藻類遺伝子工学データベース)

運用機関: 独立行政法人産業技術総合研究所

説明: 微細藻類の遺伝子組換えの実用化へ向けて役立つ技術を集めたもので、相互に利用を図ることを目指しています。現在は手持ちのラン藻のホストーベクター系を中心に、ベクターの構造、塩基配列... 詳細へ

萩庭さく葉コレクション

運用機関: 千葉大学　大学院薬学研究科

生物種:

説明: 故萩庭丈壽千葉大学名誉教授が主に日本全国で採集し作製した約５万点に及ぶ自生顕花植物のさく葉標本群のデータベースです。植物和名、学名、科名、採集地、採集年月日などの情報や、標本写... 詳細へ

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(14日以上)

南極昭和基地周辺の蘚苔類 (Handbook of Antarctic Mosses)

運用機関: 情報・システム研究機構　国立極地研究所

生物種: Bryophyta

説明: 昭和基地周辺の蘚苔類の生態、分布を掲載しています。詳細へ

苫小牧研究林生命情報データベース: TOEFbioinfo

運用機関: 北海道大学　総合博物館

生物種: Lepidoptera

説明: 苫小牧研究林所蔵の標本情報のデータベースです。Lepidoptera （鱗翅目(チョウ目)）の標本情報を写真とともに収録しています。詳細へ

動物行動の映像データベース (movie archives of Animal Behavior)

運用機関: 帝京科学大学　生命環境学部　アニマルサイエンス学科

生物種:

説明: 動物行動の映像データベース。動物の行動や種類別に映像を分類しています。詳細へ

森林生物情報

運用機関: 国立研究開発法人森林研究・整備機構森林総合研究所

生物種:

説明: このデータベースは、森林病害虫獣を含め、日本の森林に関係する種の個々の生態等について簡単な説明と写真を掲載したものです。現在、菌類及び樹木病原性生物28件、昆虫・小動物類116種、鳥... 詳細へ

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佐賀大学電子図書館植物遺伝資源検索

運用機関: 佐賀大学

生物種: Rutaceae

説明: 佐賀大学が所有する、柑橘及びミカン亜科植物の形態、分布、特徴及び画像を収録したデータベース。詳細へ

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(14日以上)

極域動物標本データベース

運用機関: 情報・システム研究機構　国立極地研究所

生物種:

説明: 国立極地研究所が収蔵している全動物標本（約2500点）を掲載しています。極域に生息する生物の理解を少しでも深めるため、標本を撮影し、分類群などで検索できるデータベースとして公開され... 詳細へ

家畜ゲノムデータベース

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Sus scrofa domestica | Gallus gallus

説明: 家畜ゲノム解析研究プログラム（略称：ＡＧＰ）で開発されたブタのマイクロサテライトマーカー等のＤＮＡマーカー、ブタ連鎖地図（ToNMaP）等についての情報を提供しています。詳細へ

マウス画像データベース

運用機関: 宮崎大学フロンティア科学実験総合センター

生物種: Mus musculus | Mus caroli

説明: 国立遺伝学研究所、浜松医科大学、宮崎大学、埼玉県がんセンター研究所等で維持しているマウス系統の画像、および国立遺伝学研究所系統生物研究センター哺乳動物遺伝研究室が所蔵している中... 詳細へ

文献データベースPRF/LITDB

運用機関: 財団法人蛋白質研究奨励会

生物種:

説明: 国内のペプチドを主題として扱った論文のタイトル、雑誌名、独自の抄録を収録した文献データベース。内容に応じて10種の分野に文献を分別し、セクションコードが与えられています。詳細へ

WER: WHO疫学週報トピックス(Weekly Epidemiological Record)

運用機関: 神戸大学　医学部

生物種: Homo sapiens

説明: WHOの疫学週報、Weekly Epidemiological Record(WER)を邦訳したものを公開しています。この週報は、WHOのHealth Information Management and Dissemination が、国際保健規則（International... 詳細へ

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(14日以上)

WBD: World Biodiversity Database

運用機関: ETI BioInformatics

生物種:

説明: 世界中の生物種の分類データベース。各生物種についての解説、分類、同義語、文献情報、写真、映像、音声等を閲覧することができます。後継サイトとして Linnaeus NG （ http://integbio.jp/... 詳細へ

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United States Regulatory Agencies Unified Biotechnology Website

運用機関: National Biological Information Infrastructure

生物種:

説明: アメリカ国内で検査を受けた、食品、食料用遺伝子組み換え作物のデータベースです。現在の情報を確認するためのリンク情報が http://usbiotechreg.epa.gov/ に記載されています。詳細へ

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PomBase

運用機関: Sanger Institute

生物種: Schizosaccharomyces pombe

説明: Schizosaccharomyces pombeゲノムに関する統合データベース。S.pombeに関する他のサイト、解析ツールへのリンクが充実しており、S.pombeに関する様々な検索、解析がこのサイトから実行できま... 詳細へ

The New York Botanical Garden

運用機関: The New York Botanical Garden

生物種:

説明: The New York Botanical Garden が収集する植物の研究や保全に関する情報のうち、ニューヨークにある植物園、研究所、植物研究に関する記事や本のデータ、植物標本を集めたサイトです。また... 詳細へ

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(14日以上)

DRAFT SEQUENCE OF FUGU GENOME ASSEMBLY RELEASE 1, 2, 3 and 4

運用機関: Queen Mary, University of London

生物種: Takifugu rubripes

説明: フグのDNA配列、EST配列を公開しています。詳細へ

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The Chromosome 7 Annotation Project

運用機関: The Centre for Applied Genomics

生物種: Homo sapiens

説明: ヒト7番染色体に関するデータベース。ヒト7番染色体に総合的な説明を作成することを目的としています。詳細へ

OSF online: Orthoptera Species File Online

運用機関: Illinois Natural History Survey, Museum of Comparative Zoology

生物種: Orthoptera

説明: 世界中に生息するキリギリス上科の昆虫のデータベース。キリギリス上科に属する昆虫の説明、分布、画像等を見ることができます。詳細へ

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(14日以上)

HPV Sequence Database

運用機関: Los Alamos National Laboratory

説明: ヒトパピローマウイルスのデータベースです。遺伝子の詳細データや配列、系統樹、パスウェイなどを収録しています。現在、オリジナルのデータベースは運用を終了し、アーカイブとしてデータ... 詳細へ

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SMD: Stanford Microarray database

運用機関: Stanford University

生物種:

説明: マイクロアレイの遺伝子発現データをデータベース化しています。Stanford UniversityによるSMDの運用は終了しました。SMDのデータを登録している公共のレポジトリの情報が、お知らせのページ... 詳細へ

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SRS: Sequence Retrieval System

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種:

説明: 生物学に関するサーチエンジン。ライフサイエンスインフォマティックスの統合プラットフォームとして、400以上の世界各地のデータベースをリンクし、独自のIndex生成により一度の検索で全て... 詳細へ

Springer Nature Experiments

運用機関: Springer Nature

生物種:

説明: ライフサイエンスや医学の研究などに使われる実験の手順やプロトコルに関するデータベースです。Nature Protocols、Nature Methods、Protocol Exchange、SpringerProtocolsの記事について、... 詳細へ

snoRNABase

運用機関: Laboratoire de Biologie Moleculaire des Eucaryotes

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトのsnoRNA（small nucleolar RNA：核小体低分子RNA）に関する包括的なデータベース。詳細へ

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