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DJI: Dictionary of Japanese Insect Names

運用機関: 九州大学　大学院農学研究院

生物種: Hexapoda

説明: 日本産の全昆虫について、和名または学名を入力することによって、その文字列を含む昆虫のリストを学名と和名で表示する辞書です。詳細へ

運用終了

Distribution of Human cDNA Clones

運用機関: 独立行政法人製品評価技術基盤機構

生物種: Homo sapiens

説明: 独立行政法人製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター：NBRC (NITE Biological Resource Center)で分譲しているヒト完全長cDNAクローンを検索できます。クローン名検索、キーワード... 詳細へ

DiProDB: Dinucleotide Property Database

運用機関: Fritz Lipmann Institute - Leibniz Institute for Age Research

生物種:

説明: DNAやRNAのジヌクレオチド配列の熱力学的特性や立体配座特性を収集したデータベースです。Twist, Bend, Roll(DNA-protein complex), Slide (DNA-protein complex)など125の特性について、全... 詳細へ

dictyBase

運用機関: Northwestern University

生物種: Dictyostelium discoideum | Dictyostelium purpureum

説明: 細胞性粘菌研究の総合サイトです。ゲノムや遺伝子情報、学会情報、実験プロトコル、解析ツール等の提供と、株の配布を行っています。詳細へ

Dicty_cDB （アーカイブ）: Dictyostelium cDNA Database

運用機関: 筑波大学大学院生命環境科学研究科

生物種: Dictyostelium discoideum

説明: 社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報に、さまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースです。本デー... 詳細へ

DGSP: DROSOPHILA GENE SEARCH PROJECT

LSDBアーカイブへ

運用機関: 首都大学東京

生物種: Drosophila melanogaster

説明: ショウジョウバエのGSベクター挿入系統データベースです。個々の系統の情報やベクター隣接配列、GAL4存在下で強制発現される遺伝子および表現型情報が登録されています。 GS系統番号、遺伝子... 詳細へ

運用終了

dbSTS: database of Sequence Tagged Sites

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: All

説明: Sequence Tagged Site(STS)を収録したデータベースです。STSはゲノムの位置を特定できる短い（約200-500bp）配列です。ゲノムの物理地図を作成する際の目印になります。dbSTSに登録されてい... 詳細へ

DBSB: DataBase for Systems Biology

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　神戸研究所

生物種: Mus musculus

説明: DBSBはゲノムワイドな情報を利用した複雑な生命現象を解析するためのプラットフォームを提供します。サーカディアンリズムとホメオスタシス、細胞周期と細胞分裂、組織特性と区別、光応答と... 詳細へ

DBH2H: Head-to-head Gene Database

運用機関: Shanghai Center for Bioinformation Technology

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Gallus gallus | Fugu rubripes

説明: ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグのhead-to-head (h2h)遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグにおいて、h2h遺伝子のペアは転写開始点が1kb... 詳細へ

dbGaP: Genotypes and Phenotypes

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: Homo sapiens

説明: ゲノムワイド関連解析(GWAS)、メディカルシーケンシング、分子診断アッセイを含む、遺伝子型と表現型の関連研究のアーカイブです。登録されているデータセットは、公開データとコントロール... 詳細へ

dbEST: Expressed Sequence Tags database

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: All

説明: 各生物種のEST情報が得られる世界最大規模のESTレポジトリです。データの登録も可能です。詳細へ

運用終了

dbCFC: Cytokine Family Database

運用機関: 熊本大学　大学院医学教育部

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: NCBI GenBankに登録されているヒトサイトカインのEST配列を収集したデータベースです。EST配列は、サイトカインファミリーごと、遺伝子ごとに整理されており、遺伝子、cDNA、タンパク質に関... 詳細へ

DB-SPIRE（アーカイブ）: Database for Structure-based Protein Interaction Research

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種:

説明: 実験的または配列解析（ホモロジー検索とマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を収録しています。アミノ酸配列モチーフデータ... 詳細へ

運用終了

Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi

運用機関: 独立行政法人産業技術総合研究所

生物種: Aspergillus oryzae

説明: 糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)について、塩基配列および発現制御などの研究に役立つ情報を集めたサイトです。Aspergillus oryzae EST データベース：麹菌EST・ゲノム解析コン... 詳細へ

The Journal of Biological Databases and Curation

運用機関: Oxford University Press

生物種:

説明: Oxford University Pressから出版されているオープンアクセスの学術誌です。生物系のデータベース研究やキュレーションに関する新しい知見を提供することによって、データベース開発者とキュ... 詳細へ

Cystic Fibrosis Mutation Database

DaphniaBASE

運用機関: 自然科学研究機構　基礎生物学研究所

生物種: Daphnia pulex

説明: オオミジンコ（D. magna）のNIESクローンについてcDNAライブラリを作成し、EST解析を実施した結果が公開されています。クローン配列あるいはコンティグ配列、およびそれらに対するホモロジー... 詳細へ

運用機関: The Hospital for Sick Children (SickKids)

生物種: Homo sapiens

説明: 嚢胞性線維症(CF;Cystic Fibrosis)の病因はCFTR（CF transmembrane conductance regulator、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子）遺伝子の変異にあります。このデータベースでは、嚢胞性... 詳細へ

CyanoClust database: Database of homologous proteins in cyanobacteria and plastids

運用機関: 東京大学

生物種: Bacteria | Cyanobacteria | Paulinella chromatophora

説明: 原核、真核両ドメインにまたがる広汎なタンパク質についての高品質な自動クラスタリングを行うソフトウェア「GCLUST」を用いて、10種のバクテリアと38種のシアノバクテリア、59種の葉緑体、1... 詳細へ

CSML: Cell System Markup Language

運用機関: 東京大学　医科学研究所

生物種:

説明: CSMLは、細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係などを、システムダイナミクスを含めて記述するためのXMLフォーマットです。他の生体内パスウ... 詳細へ

CREATE portal （アーカイブ）: Collaboration of Regional Entities for the Advancement of Technological Excellence

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Mus musculus

説明: かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されています。ectopic expressionはhybridizationにより計... 詳細へ

COPE: Cytokines & Cells Online Pathfinder Encyclopedia

運用機関: 調査中

生物種:

説明: サイトカインと細胞に関するオンライン辞典で、全てテキストで記載されています。アルファベット別にキーワードが整理されており、情報量が多いのが特徴です。※アカデミア、非営利組織のみフ... 詳細へ

CDD: Conserved Domain Database

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: 分子進化的に保存されたタンパク質ドメインの配列アライメントとプロファイルを収録しています。Pfam、SMART、COG、PRK、TIGRFAMを情報源としています。詳細へ

ConfC （アーカイブ）: Database of conformation changes in protein structures

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種:

説明: タンパク質立体構造と機能の関係を動的に扱った研究は、実験的には数多く存在しますが、一般的なドラッグデザインではいまだにタンパク質を静的に扱っています。タンパク質の動的情報を得る... 詳細へ

EBI Genomes Pages

運用機関: European Bioinformatics Institute

説明: 完全ゲノム配列決定された生物のゲノム配列と、ゲノムにマッピングされたアノテーション情報を提供しています。詳細へ

Comparasite: Full-length cDNA Database

運用機関: 東京大学　医科学研究所

説明: 7種類の寄生原虫（熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、ネズミマラリア原虫2種、トキソプラズマ原虫、クリプトスポリジウム原虫、エキノコックス条虫）から全長cDNAライブラリを作成し... 詳細へ

COGs: Clusters of Orthologous Groups of proteins

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: Archaea | Bacteria | Proteobacteria

説明: 全ゲノムにコードされているタンパク質配列の全てのオーソログを定義しているデータベースです。オーソログクラスターに含まれる生物種とタンパク質名、系統樹を収録しています。各クラスタ... 詳細へ

運用終了

Clone DB

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: 遺伝子クローンとライブラリの統合データベースです。クローン名とライブラリ情報、末端塩基配列情報、提供者の情報を提供しています。クローンの登録も行えます。前身のデータベースは「NCB... 詳細へ

CleanEx

運用機関: 調査中

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: ヒトとマウスの遺伝子発現データを収集・整備し、実験間で比較することができるデータベースです。キーワード検索が可能です。詳細へ

NBRP カタユウレイボヤ: ナショナルバイオリソースプロジェクトカタユウレイボヤ

運用機関: 筑波大学　下田臨海実験センター

生物種: Ciona intestinalis

説明: NBRPカタユウレイボヤでは、1．カタユウレイボヤ野生型（クローズドコロニー）の飼育と提供（京都大学および東京大学）2．カタユウレイボヤトランスジェニック系統・突然変異体の収集・保存... 詳細へ

Chloroplast Function Database II: A database of mutant phenotypes of nuclear-encoded chloroplast proteins

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: シロイヌナズナの葉緑体タンパク質を産生すると予想した遺伝子に、トランスポゾンまたはT-DNAを挿入して破壊したタグラインを大規模に収集し、植物体の形態変化を育成プレート上で観察・分類... 詳細へ

ChimerDB

運用機関: Ewha Womans University

生物種: Homo sapiens

説明: ChimerDBは融合遺伝子の情報を集めたデータベースです。ChimerKB、ChimerPub、ChimerSeqの3つのモジュールで構成されています。ChimerKBは、文献や公開されているリソースからのマニュアルキ... 詳細へ

CGD: Candida Genome Database

運用機関: Stanford University

生物種: Candida albicans

説明: ヒト病原体であるカンジダ菌（Candida albicans）のゲノム配列や、手作業でキュレートした遺伝子、タンパク質のアノテーション情報を提供しているデータベースです。カンジダ菌の代謝パスウ... 詳細へ

BrainTx: Brain Transcriptome Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　和光研究所

生物種: Mus musculus

説明: 哺乳類の脳の発達に伴う時間的空間的な遺伝子発現の情報を視覚化し分析するための総合的な神経科学データベースです。遺伝子名、発現場所、発現タイミング、関連する遺伝子オントロジーの情... 詳細へ

運用終了

Cassava Full-Length cDNA Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Manihot esculenta

説明: ESTのアセンブルによって得られたキャッサバの完全長cDNAデータベースです。キーワード検索やBLAST検索が可能です。詳細へ

運用終了

NCC-CIR: Cancer Image Reference Database (がん診療画像レファレンスデータベース)

運用機関: 国立研究開発法人国立がん研究センター

生物種: Homo sapiens

説明: がんの診療に有用な放射線、CT、MR、内視鏡、超音波、病理画像等の各種臨床画像・診断情報を提供する医師向けデータベースです。国立がん研究センター中央病院、東病院の症例を中心に、国立... 詳細へ

運用終了

Caenorhabditis elegans WWW Server

運用機関: Virginia Commonwealth University

生物種: Caenorhabditis elegans

説明: 線虫研究に関するポータルサイト、リンク集です。最新の論文、学会情報、解析ソフトウェア、C. elegans以外の線虫を紹介するページや、主要な線虫データベース、関連サイト、各研究室へのリ... 詳細へ

Broad Institute of MIT and Harvard

運用機関: Broad Institute of Harvard and MIT

生物種: Homo sapiens

説明: ブロード研究所は、マサチューセッツ工科大学（MIT）のホワイトヘッド研究所とハーバード大学のHarvard Institute of Chemistry and Cell Biology (ICCB) という遺伝子医学の二大研究所が200... 詳細へ

Breast Tumor Image Database

運用機関: 国立研究開発法人国立病院機構　九州がんセンター

生物種: Homo sapiens

説明: マンモグラフィ検診の導入や診断機器の進歩により、早期乳癌の発見率は増加してきました。一方で、境界病変や非触知病変、腫瘤非形成型病変など診断に苦慮する機会も増えています。そこで、... 詳細へ

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Bookshelf

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: オンラインで利用できる生物医学関連の電子書籍を収録しています。テキスト中の引用文献はPubMedにリンクしています。詳細へ

Bombyx Trap DataBase

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Bombyx mori

説明: エンハンサートラップ法によりカイコの新規突然変異系統を作出し、これらの系統におけるGFPレポーター発現部位情報や画像、ゲノム挿入位置情報などをまとめた新規突然変異系統データベースを... 詳細へ

BombMap: Bombyx mori genome Map information system

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Bombyx mori

説明: カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。グラフィカルなビューアにより、遺伝地図と物理地図の関連やマーカ情報を参照できます。詳細へ

統合TVへ一括ダウンロード可

BMRB: Biological Magnetic Resonance Data Bank

運用機関: University of Wisconsin System Board of Regents

生物種: All

説明: ADIT-NMR、SMSDepにより登録されたペプチド、タンパク質、核酸等、生体高分子のNMR実験データを公開しています。データの検索、各データエントリーからPDBなど他のデータベースへのリンク、... 詳細へ

運用終了

統合TVへ一括ダウンロード可

BioSystems

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: 代謝パスウエイやシグナルパスウエイ、疾患やその他の生体内プロセスに関わる生体分子の相互作用セットを収集したデータベースです。現在は、KEGGとEcoCycデータベースのパスウエイを対象と... 詳細へ

Biomarker Candidates (Inferences of Novel Biomarker Candidate Functions)

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所

生物種:

説明: バイオマーカー候補と臨床的障害の関係から新規のバイオマーカー候補を見出すためのデータベースです。MEDLINE、OMIM、PPIs等の文献情報からバイオマーカー関連の情報をまとめています。キー... 詳細へ

Biology Links

運用機関: Harvard University Department of Molecular and Cellular Biology

生物種:

説明: ハーバード大学分子細胞生物学部で公開している生物学全般に関するリンク集です。生物学の各分野や、インターネットバイオリソース、検索エンジン、データバンク、モデル生物データベースと... 詳細へ