ホーム - Integbio データベースカタログ

English

データベースのレコード一覧 (件数: )

並べ替え:

運用終了

GenomeAtlasDatabase

運用機関: Center for Biological Sequence Analysis

生物種: Bacteria

説明: 各種真正細菌の様々な情報がまとまっています。GenomeAtlas, BaseAtlas, A-DNA Atlas, Z-DNA Atlas, Structure Atlasなどがあり、たとえばGenomeAtlasではCDSやGC塩基の割合などが図で示され... 詳細へ

休止
(14日以上)

Genome Project of Symbiobacterium thermophilum

運用機関: 日本大学　大学院総合科学研究科

生物種: Symbiobacterium thermophilum

説明: Symbiobacterium thermophilum（好熱性細菌の一種）の完全長塩基配列から得られた情報（オーソログ分析の結果、パラログ分析の結果、系統樹等）を公開しています。詳細へ

一括ダウンロード可

BioProject (Formerly Genome Project)

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: Bacteria | Archaea | Eukaryota

説明: 特定の組織やコンソーシアムにより立ち上げられたゲノムプロジェクトをはじめとする生命科学分野の各種プロジェクトを単位とし、そこから産生されたデータセットをまとめたデータベースです... 詳細へ

休止
(14日以上)

一括ダウンロード可

Genome Network Platform

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 「ゲノムネットワークプロジェクト」は転写制御を中心とした生体内のネットワークを網羅的に探査し、その全容を明らかにすることを目的としています。ヒト遺伝子の転写開始点の情報、転写因... 詳細へ

EMBL-EBI > Services

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種: All

説明: EMBL-EBI のツールとデータリソースをまとめたサイトです。Ensembl、UniProt、PDBe、Europe PMC、Expression AtlasなどのデータベースやClustal Omega、InterProScan、BLAST などのツールが... 詳細へ

一括ダウンロード可

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: Bacteria | Archaea | Eukaryota | Viruses

説明: 1,000以上の生物の染色体配列、コンティグ配列、UniGeneクラスター、遺伝子の染色体マッピング情報を提供しています。真正細菌、古細菌、真核生物、ウイルス、ファージ、ウイロイド、プラス... 詳細へ

公開停止中

一括ダウンロード可

Genolevures: Genomic Exploration of the Hemiascomycete Yeasts

運用機関: Bordeaux Bioinformatics Center

生物種: Saccharomycetes

説明: このデータベースはアノテーション付けされたシーケンスデータや18種類のHemiascomycete Yeastの分類を提供しています。詳細へ

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

GENIUS II（アーカイブ）

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種:

説明: 多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて、全ゲノム配列が決定されている生物種の全ORFコードタンパク質を構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。国立研究開発法... 詳細へ

運用機関: 東京大学　大学院情報理工学系研究科

生物種:

説明: 科学技術分野における情報の洪水を克服するために科学者の書いた文章から有用な情報を抽出することを目的としたGENIA Project のサイトです。プロジェクトで作られた以下のリソースやツール... 詳細へ

運用機関: Sanger Institute

生物種:

説明: GeneDBはSangerInstituteの病原菌ゲノミクスの中核をなすプロジェクトです。GeneDBではタンパクの長さ、タンパク質の分子量、遺伝子の種類やGeneOntology、EC番号などでDB内の情報を検索する... 詳細へ

一括ダウンロード可

GOA: Gene Ontology Annotation Database

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種:

説明: UniProtKBのタンパク質、RNAcentralのRNA分子、Complex Portalの複合タンパク質に高精度のGOアノテーションを付加するためのデータベースです。遺伝子産物とGOタームの関連付けには電子アノ... 詳細へ

LSDBアーカイブへ統合TVへ一括ダウンロード可

AOE: All Of gene Expression

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: EBI ArrayExpress に登録されている遺伝子発現データを容易に検索、閲覧するためのインターフェースです。ArrayExpress のメタデータから集計した統計値をインタラクティブなグラフにまとめ... 詳細へ

休止
(14日以上)

Gene Expression in Tooth Database

運用機関: University of Helsinki

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 歯の遺伝子発現データベースには成長因子、受容体、シグナル分子などの分類で遺伝子発現情報が記録されており、その成長過程での遺伝子発現の有無についても各種実験方法で確かめられた結果... 詳細へ

休止
(14日以上)

GEMCA: Genotyping Microarray based CNV Analysis

運用機関: 東京大学　先端科学技術研究センター

生物種: Homo sapiens

説明: マイクロアレイによる遺伝子発現およびDNAコピー数解析によって、染色体およびRNAのレベルからゲノムの多様性を解明し、疾患感受性や薬剤感受性の遺伝的素因を明らかにすることを目指し、ヒ... 詳細へ

休止
(14日以上)

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

運用機関: 東京大学　大学院総合文化研究科

生物種: Embryophyta | Bacteria | Metazoa | Fungi

説明: Gclustデータベースは系統プロファイルによる検索を可能にした相同タンパク質データベースです。95生物種の全タンパク質の総当たりBLASTの結果に基づき、類似度の閾値を自動的に設定しながら... 詳細へ

消化管医用画像データベース: Gastrointestinal Medical Image Database

運用機関: 国立研究開発法人国立病院機構　九州がんセンター

生物種: Homo sapiens

説明: 匿名化された消化管疾患の症例について、超音波によるエコー像・内視鏡像・CT・MRI・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および血液検査値等をアーカイブ化しています。国立研究開発法人... 詳細へ

休止
(14日以上)

GALAXY: Glycoanalysis by the three axes of MS and chromatography

運用機関: 名古屋市立大学　大学院薬学研究科

生物種:

説明: アスパラギン残基に結合している糖鎖（N型糖鎖）の構造を、独自の「2D/3D糖鎖マッピング法」により解析し、得られた構造（糖残基ユニットの組み合わせ）を掲載しています。これまでに解析蓄... 詳細へ

休止
(14日以上)

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Pan troglodytes | Macaca mulatta | ...

説明: ヒトとその他12種の脊椎動物を対象に、ゲノム保存領域を表示する比較ゲノムブラウザで、H-InvDB のサテライトデータベースとして開発されました。ヒトと各生物種間に１対１で保存されたortho... 詳細へ

真菌・放線菌ギャラリー

運用機関: 千葉大学　真菌医学研究センター

生物種: Fungi | Actinobacteria

説明: 本データベースは、ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）の一環として収集、保存、研究された病原性カビ、酵母、キノコおよび病原性放線菌の画像を公開しています。詳細へ

一括ダウンロード可

Full-Tsetse: Tsetse Full-length cDNA database

運用機関: 東京大学　医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター

生物種: Glossina morsitans

説明: ツェツェバエ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。ダウンロードページが機能していません。詳細へ

Full-Echinococcosis: Echinococcosis Full-length cDNA database

運用機関: 東京大学　医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター

生物種: Echinococcus multilocularis

説明: エキノコックス完全長cDNAデータベースには、クローンシーケンス情報がBLASTN(nt),BLASTX(nr),BLASTN(Em EST)と比較した結果と共に掲載されています。また、BLASTSearchも使用することができ... 詳細へ

一括ダウンロード可

Full-Cryptosporidium: Cryptosporidium Full-Length cDNA Database

運用機関: 東京大学　医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター

生物種: Cryptosporidium parvum

説明: クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロー... 詳細へ

Full-Babesia: Babesia Full-length cDNA database

運用機関: 東京大学　医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター

生物種: Babesia

説明: バベシア完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。詳細へ

一括ダウンロード可

Full-Anopheles: Anopheles Full-length cDNA database

運用機関: 東京大学　医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター

生物種: Anopheles stephensi

説明: ハマダラカ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページが... 詳細へ

休止
(14日以上)

一括ダウンロード可

FUGU GENOME PROJECT

運用機関: Institute of Molecular and Cell Biology

生物種: Takifugu rubripes

説明: フグのゲノム情報を提供しています。このサイトでは各アセンブルデータに対するBLAST機能やアセンブルされた配列情報のダウンロード、GenomeBrowserを使用することができます。詳細へ

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

fRNAdb （アーカイブ）: Functional RNA Database

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種:

説明: 経済産業省「機能性RNAプロジェクト」の成果であるデータベース群のポータルサイト「ncRNA.org」の中のデータベースです。ncRNAの配列、構造、遺伝子発現情報をまとめています。国立研究開発... 詳細へ

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

Fluorome: The Cyanobacterial Chlorophyll Fluorescence Database

運用機関: 早稲田大学　教育学部

生物種: Synechocystis sp. PCC 6803

説明: 原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。シアノバクテリアSynechocystis sp. PCC 6803の約500の変異株のデータが収... 詳細へ

一括ダウンロード可

FLJ Human cDNA Database

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所　創薬分子プロファイリング研究センター

生物種: Homo sapiens

説明: 転写開始点の多様性やスプライシングバリアントに焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースです。ヒト遺伝子数は2万～2万5000と推定されましたが、ヒトmRNAのバリエーションは10万程度と予... 詳細へ

Flavonoid Database

運用機関: 東京大学　大学院理学系研究科　生物化学専攻

生物種:

説明: 様々な植物種で同定されたフラボノイドを報告した文献を集めたデータベースです。物質、植物種、文献という3つの名前空間で構成されます。現在、6918フラボノイド構造、3655植物種、5006件... 詳細へ

LSDBアーカイブへ統合TVへ一括ダウンロード可

FANTOM4: Functional Annotation of the Mammalian Genome 4

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Homo sapiens

説明: FANTOMは、理化学研究所オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。このデータベースでは、過去の FANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした... 詳細へ

一括ダウンロード可

FANTOM3: Functional Annotation of Mouse 3

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベースです。（転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されています。FANTOM3では、CAGE（Cap Analysis of G... 詳細へ

休止
(14日以上)

一括ダウンロード可

FABA2: Four-dimensional Ascidian Body Atlas Ver.2

運用機関: 慶應義塾大学

生物種: Ciona intestinalis

説明: カタユウレイボヤの孵化後の細胞の時空間的形態変化を明らかにし、網羅的発生ステージ表を作製することを目的に、後期の各発生ステージ（受精後17.5時間幼生～受精後7日幼若体）に対応する形... 詳細へ

休止
(14日以上)

Evolutionary Trace Server

運用機関: 大阪大学　蛋白質研究所

生物種:

説明: アミノ酸配列をクエリとし、Blast検索、マルチプルアライメント、と順次ET法の各過程を実行し、最終的に予測した保存部位を立体構造上に表示します。詳細へ

休止
(14日以上)

一括ダウンロード可

Evola: Evolutionary annotation database

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Pan troglodytes | Macaca mulatta | ...

説明: H-InvDBで定義されたヒト遺伝子の分子進化データベースとして、ヒト代表配列（1配列/遺伝子座）と14種の脊椎動物とのオーソログ情報を提供しています。ヒトと各生物種間でスプライシングバリ... 詳細へ

ESTHER: ESTerases and alpha/beta Hydrolase Enzymes and Relatives

運用機関: Institut national de la recherche agronomique

生物種:

説明: α/β‐ヒドロラーゼ折畳みスーパーファミリーのデータベースです。タンパク質のα/β‐ヒドロラーゼ折畳みは、α/β/αサンドイッチ構造を形成する5～8本鎖のβシートコアによって特徴づけられます。... 詳細へ

運用終了

一括ダウンロード可

EST (A collection of short single-read transcript sequences from GenBank)

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: All

説明: GenBankに登録されている、転写産物の一部の短い配列（EST）を収集したデータベースです。各エントリーにつき、EST名、クローン情報、プライマー情報、配列、ライブラリー情報、文献情報が表... 詳細へ

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

eSOL: Solubility database of all E.coli proteins

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所

生物種: Escherichia coli

説明: 再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量を収録したデータベースです。遺伝子名またはクローンID(JW ID)から各... 詳細へ

EpoDB: Erythropoiesis database

運用機関: University of Pennsylvania

生物種: Vertebrata

説明: 脊椎動物の赤血球細胞（赤血球産生）関連遺伝子を収集したデータベースです。各エントリーにはDNA配列、構造、タンパク情報、遺伝子発現情報、転写因子結合サイトが含まれています。※現在、... 詳細へ

一括ダウンロード可

EPD: The Eukaryotic Promoter Database

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics

生物種: Eukaryota

説明: 転写開始点が決定されている真核生物のポリメラーゼIIプロモーターについての注釈付きデータベースです。各エントリーの注釈には、転写開始部位のマッピング実験に関する記述、外部データベ... 詳細へ

一括ダウンロード可

EnsemblProtists

運用機関: Ensembl Project

生物種: Dictyostelium discoideum | Plasmodium falciparum | Phytophthora infestans | Amoebozoa | Alveolata | ...

説明: ゲノム解読された原生生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めていま... 詳細へ

一括ダウンロード可

運用機関: Ensembl Project

生物種: Embryophyta

説明: ゲノム解読された植物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。詳細へ

一括ダウンロード可

運用機関: Ensembl Project

生物種: Diptera | Nematoda | Chelicerata | Hemiptera | Phthiraptera

説明: ゲノム解読された無脊椎動物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めてい... 詳細へ

一括ダウンロード可

運用機関: Ensembl Project

生物種: Fungi

説明: ゲノム解読された菌類を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。詳細へ

一括ダウンロード可

EnsemblBacteria

運用機関: Ensembl Project

生物種: Eukaryota | Bacteria | Archaea | Viruses

説明: ゲノム解読された真正細菌、古細菌を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進... 詳細へ

統合TVへ一括ダウンロード可

ENA: European Nucleotide Archive

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種: All

説明: 次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。サンプル、実験情報、機器情報、データとしては配列トレース、配列、クオリティ値を含み、アセンブル、マッピング、機能アノテ... 詳細へ

休止
(14日以上)

EMGLib: Enhanced Microbial Genomes Library

運用機関: Universite Claude Bernard Lyon 1

生物種: Bacteria | Archaea | Ascomycota

説明: 原核生物（真正細菌、古細菌）と酵母の完全ゲノム配列を提供しています。GenBankやEMBL、RefSeqなどのデータベース名を選択し、キーワードや配列名、アクセッション番号で検索します。詳細へ

一括ダウンロード可

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: Homo sapiens | Macaca mulatta | Mus musculus | Pan troglodytes | Canis lupus familiaris | ...

説明: 脊椎動物ゲノム間の進化的保存領域、RefSeqとUCSC既知遺伝子のプロモーター領域、ゲノム間のシンテニー、プロモーター領域および進化的保存領域の転写因子結合サイトについて、ダウンロード... 詳細へ

休止
(14日以上)

Ecgene: Genome Annotation for Alternative Splicing

運用機関: Ewha Womans University

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Canis lupus familiaris | Gallus gallus | ...

説明: 選択的スプライシングを考慮した遺伝子推定プログラムECgeneをゲノムに適用してアノテーションしたデータベースです。生物種はヒト、マウス、ラットを対象としています。遺伝子を示すビュー... 詳細へ

EBI: European Bioinformatics Institute

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種: All

説明: EBI（欧州バイオインフォマティクス研究所）は、ケンブリッジ郊外のウェルカムトラスト・ゲノムキャンパス内に設置されているバイオインフォマティクスの学術的研究機関です。EMBL（欧州分子... 詳細へ

一括ダウンロード可

DTA: DDBJ Trace Archive

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ センター

生物種: Homo sapiens | Oryzias latipes | Bacteria

説明: 大規模配列決定プロジェクトからのシングルパスリードの DNAクロマトグラム、決定した配列、クオリティ値のアーカイブです。 DTA は International Nucleotide Sequence Database Collaborat... 詳細へ

全条件をリセット

一覧内を検索する

一覧を絞り込む

生物種

Loading...

タグ＜対象＞

Loading...

タグ＜データの種類＞

Loading...

稼動状況

稼動中
休止
公開停止中
運用終了

地域

日本
日本以外の国・地域

その他の条件

LSDBアーカイブ収載のDB
統合TVで紹介のあるDB
一括ダウンロード可のDB

検索機能について