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rsoy: RIKEN Soybean Full-Length cDNA Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Glycine max

説明: ダイズの完全長cDNAの全データを閲覧できるデータベースです。理化学研究所では世界で初めてダイズの完全長cDNAを大規模に解析し、約23,000種のcDNAの全データを公開しました。本研究では、... 詳細へ

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SNPedia

運用機関: River Road Bio

生物種: Homo sapiens

説明: SNPediaは、ヒトのDNA変異に関する情報共有を目的としたwiki形式のサイトです。遺伝子名、ゲノム、医薬品名、病名のリストから、それぞれSNP情報を確認することができます。詳細へ

snOPY: snoRNA Orthological Gene Database

運用機関: 宮崎大学　フロンティア科学実験総合センター

生物種: Eukaryota

説明: snoRNA(核小体低分子RNA)のオーソログの情報を整備することを目的に、生物種ごとのsnoRNAの情報を網羅したデータベースを構築しています。現在は、35生物種15,619件のsnoRNAについて、配列や... 詳細へ

SMART: Simple Modular Architecture Research Tool

運用機関: EMBL Heidelberg

説明: シグナル伝達タンパク質、細胞外タンパク質、クロマチンタンパク質のドメインのデータベースです。系統分類、機能クラス、立体構造、機能上重要な残基の情報があります。キーワード検索、HMM... 詳細へ

休止
(14日以上)

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

SEVENS

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種: Eukaryota

説明: Gタンパク共役型受容体（7回膜貫通タンパク質）遺伝子を既知のゲノム配列より予測した結果を収録しています。56種の真核生物ゲノムからバイオインフォマティクスツール（遺伝子検索ツール、... 詳細へ

休止
(14日以上)

ラット系統検索 - RIKEN BRC

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Rattus norvegicus

説明: 理研バイオリソースセンターで管理しているラットの系統の一覧が表示されます。RBRC No.やタイプ、系統名、特徴、文献、提供者が記述されています。詳細へ

運用終了

Schizosaccharomyces pombe Postgenome Database

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Schizosaccharomyces pombe

説明: 理研吉田化学遺伝学研究室で得られた分裂酵母Schizosaccharomyces pombe全遺伝子のクローニングに関する情報と、全タンパク質の細胞内局在情報、画像などが閲覧できます。現在、Sanger研究所... 詳細へ

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Wellcome Trust Sanger Institute

運用機関: Wellcome Trust Sanger Institute

生物種: Bacteria | Eukaryota | Viruses

説明: サンガー研究所の研究部門やプロジェクトの紹介と、研究所で配列決定したゲノムデータのダウンロードサイト、開発したデータベースのリンク集とソフトウエアのダウンロードサイト、マウスと... 詳細へ

SALAD Database: Surveyed conserved motif ALignment diagram and the Associating Dendrogram

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Oryza sativa

説明: SALADデータベースでは、植物間のアミノ酸配列の類似性をもとにデンドログラムを作成し、機能的に似たタンパク質をクラスタリングすることができます。特徴として、保存領域（モチーフ）の有... 詳細へ

運用終了

SABRE: Systematic consolidation of Arabidopsis and other Botanical REsource

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

説明: 植物で最も解析が進んでいるシロイヌナズナの研究成果を集めたデータベース「TAIR」の遺伝子情報を軸（串）とし、研究グループで収集・保存・提供しているシロイヌナズナ、ヒメツリガネゴケ... 詳細へ

S/MARt DB: The S/MAR transaction DataBase

運用機関: Gesellschaft fur Biotechnologische Forschung

生物種: Eukaryota

説明: 真核生物ゲノムにおけるMAR（マトリックス結合領域）、または、SAR（スキャフォールド付着領域）と呼ばれる核マトリックスに付着する染色体DNA配列と、それらに結合する核マトリックスタンパ... 詳細へ

休止
(14日以上)

RPOPDB: RIKEN Populus Database

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Populus

説明: 10種類のポプラとヨーロッパクロマツのゲノム情報を収録したデータベースです。mRNAは、GenBank/DDBJ/EMBLを情報源としています。理研で収集、アノテーションしたPopulus nigra 完全長cDNA配... 詳細へ

ROUGE: A Database of Rodent Unidentified Gene-Encoded Large Proteins Analyzed by Kazusa Mouse cDNA Project

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Mus musculus

説明: かずさDNA研究所が同定したヒト長鎖遺伝子(KIAA cDNAs)のマウスホモログ(mKIAA cDNAs)の情報公開と遺伝子の配布を行っています。各エントリーにつき、クローン情報、cDNA配列、制限酵素マッ... 詳細へ

RIKEN-CIAT Cassava Full-Length Clone Database Search

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Manihot esculenta

説明: 理研バイオリソースセンターが提供する、キャッサバの完全長cDNAクローンのデータベース検索サイトです。リソース番号、NCBI番号、クローン名やBLASTによる検索が可能です。詳細へ

休止
(14日以上)

RSGI: RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種:

説明: 理研構造プロテオミクス研究推進本部 (RSGI)のサイトです。ヒト、マウス、シロイヌナズナ、高度好熱菌、古細菌などを対象として、生命活動に重要なタンパク質や、創薬などの産業に有用なタン... 詳細へ

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SciNeS: Scientist's Networking System

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種:

説明: 理研サイネスは、セマンティックウェブに準拠したウェブシステムです。セキュリティで区切られた多数のバーチャルラボを同時並列的に内包できるクラウド型のウェブシステムで、理研の生命情... 詳細へ

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RIKEN Mouse Genome Encyclopedia DNABook

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Mus musculus

説明: 6万以上のマウス完全長cDNAクローンを収録したDNAブックです。DNAブックとは、DNAを固相化して紙に固定し、書籍の形にする技術です。通常の宅配便などで多種類のDNAを印刷された情報とともに... 詳細へ

運用終了

RIKEN Human cDNA Encyclopedia Metabolome DNABook

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトの代謝に関する遺伝子DNAを収録したDNAブックです。詳細へ

運用終了

RIKEN Hub Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種:

説明: 理研には約400の研究室があり、それぞれが自発的に研究成果の発表を行っています。データ公開も様々な形式で行われ、現在約80のデータ提供サイトがWeb上で公開されています。このため、どこ... 詳細へ

RIKEN BRC PLANT DATABASE SERCH - BLAST Search

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

説明: 理研BRC実験植物開発室で提供しているシロイヌナズナを中心とした植物遺伝子材料のBLAST検索ができます。詳細へ

JCM微生物リソースメタデータ

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種:

説明: 理研バイオリソースセンターが生物遺伝材料として提供する微生物株を収録しています。様々な種の微生物について、株としての情報を特性や表現型情報も含めて提供しています。生物種名、来歴... 詳細へ

RIKEN BRC DNA BANK

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus | Mus musculus | Macaca fuscata | Pan troglodytes

説明: 理研・遺伝子材料開発室（旧DNA開発銀行）が収集した汎用宿主ベクター系とクローン化遺伝子を中心に、様々な研究機関、研究者から寄付・寄託された「動物および微生物のDNA」の収集・保存・... 詳細へ

RIKEN BRC CELL BANK

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

説明: 理研・細胞材料開発室が収集、培養し、提供する細胞株のデータベースです。従来の培養細胞株に加えて、ヒトのiPS細胞、胚性幹細胞（ES細胞）、体性幹細胞（臍帯血、間葉系幹細胞等）、マウス... 詳細へ

RIKEN BRC Arabidopsis activation (T-DNA)-tagged lines

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: シロイヌナズナのアクティベーションタグラインは、理研バイオリソースセンター（BRC）または理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異探索研究チームにおいて... 詳細へ

RIKEN BRCのバイオリソース

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

説明: マウスを中心とした実験動物、シロイヌナズナを中心とした実験植物、ヒトや動物の細胞材料、微生物・動物・ヒト由来DNA等の遺伝子材料、微生物材料等、ライフサイエンス研究の発展に不可欠... 詳細へ

RIKEN Arabidopsis Activation tagging line

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: このデータベースは、約500のシロイヌナズナ形態的変異株についての形質とT-DNA挿入部位のゲノムDNA配列について記載されたものです。アクティベーションタギング法によりシロイヌナズナの突... 詳細へ

運用終了

Rice Full-Length cDNA Encyclopedia DNABook

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Oryza sativa

説明: イネ完全長cDNA約3万2千個を収録したDNAブックです。農業生物資源研究所の所有する約3万2千個のイネcDNAをより一層有効活用する手段の1つとして、1冊の本の中にそれらの全cDNAを貼付けた書籍... 詳細へ

休止
(14日以上)

Rhodococcus genome Project

運用機関: Rhodococcus Genome Project

生物種: Rhodococcus sp. strain RHA1

説明: PCB分解微生物Rhodococcus sp.のRHA1株について、ゲノムDNA配列やアノテーション結果を提供しています。BLAST検索やゲノムブラウザの利用も可能です。詳細へ

RIKEN ENU-based gene-driven mutagenesis system

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Mus musculus

説明: 理研ENU-based gene-driven mutagenesis system (RGDMS)は次世代版ジーンターゲッティングシステムとして一般に公開しています。新規変異マウス研究開発チームは、RGDMSを主要な業務活動のひ... 詳細へ

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Rfam: RNA family database

運用機関: EMBL-EBI

生物種: Bacteria | Archaea | Eukaryota | Viruses

説明: 構造RNAの配列ファミリーを収録したデータベースです。RNAファミリーは、非コードRNA遺伝子、シス制御エレメント、自己スプライシングRNAの3つに分類され、保存された二次構造を持つことが知... 詳細へ

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(14日以上)

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RegTransBase: A curated database of regulatory interactions in Prokaryotes

運用機関: Lawrence Berkeley National Laboratory

生物種: Bacteria | Archaea

説明: 原核生物の転写制御について、文献情報を基に手作業でキュレートした転写制御相互作用情報と転写因子結合サイト情報、検証に用いた実験情報を提供しています。遺伝子名や制御因子名、エフェ... 詳細へ

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RefDIC: Reference Database of Immune Cells

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Mus musculus | Homo sapiens

説明: 代表的な免疫関連細胞の標準的な状態（無刺激、もしくはごく一般的な刺激後）のmRNAプロファイル、タンパク質定量プロファイルデータを閲覧、ダウンロード、解析できるデータベースです。測... 詳細へ

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RED II: Rice Expression Database II

運用機関: 国立研究開発法人農業生物資源研究所

生物種: Oryza sativa

説明: イネウィルストランスクリプトームプロジェクト（2007年～）において得られた、9種類のイネウイルスに感染させたイネの遺伝子発現データを収録したデータベースです。マイクロアレイは、Agil... 詳細へ

RVD: The Recombinant Virus Database

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Viruses

説明: 理研バイオリソースセンター遺伝子材料開発室で収集している組換えレトロウイルス、組換えアデノウイルス、DNAクローンのデータベースです。組換えアデノウイルスは、研究で実際に使用された... 詳細へ

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Recode v.2.0: Database of translational recoding events

運用機関: University College Cork

生物種:

説明: Recodingとは、塩基配列を通常の規則に沿わないで読み取ることを指します。Recodingが起こることにより、セレノシステインが挿入されたり、停止コドンが無視されたりなどの現象が起こります... 詳細へ

REBASE: The Restriction Enzyme Database

運用機関: New England Biolabs Inc.

生物種: Eukaryota | Bacteria | Archaea | Viruses

説明: 制限酵素と関連するタンパク質に関する情報を収集したデータベースです。制限酵素の認識サイトや切断サイト、同一の塩基配列を認識するイソ制限酵素、入手先、メチル化感受性、文献情報など... 詳細へ

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RARTF: RIKEN Arabidopsis Transcription Factor database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: PSI-BLAST検索により検出されたシロイヌナズナの全転写因子1,978件と転写因子ファミリーの情報を扱うデータベースです。完全長cDNA配列、Ds-tagged 変異体、ファミリー間のマルチプルシーク... 詳細へ

RAPID: Resource of Asian Primary Immunodeficiency Diseases

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Homo sapiens

説明: アジアの原発性免疫不全症の問題の解決を目指した情報基盤リソースです。アジアでの研究者、臨床家と連携し、情報や技術を共有し、より有効な診断治療の確立を目指しています。インドのバイ... 詳細へ

運用終了

RAPID: RIKEN Arabidopsis Phenome Information Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: 理研植物科学研究センターで作製したシロイヌナズナトランスポゾンタグラインのデータベースです。Line Codeをキーにした検索と、表現型を選択することによる検索が可能です。Line Codeの一... 詳細へ

休止
(14日以上)

Radiation Gene: Database of genes transcriptionally modulated by ionizing radiation in mammalian cells

運用機関: Consorzio interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo Per Universita e Ricerca / CASPUR

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: 哺乳類の細胞を用いて電離放射線による転写の影響を測定したマイクロアレイデータを公共リポジトリや文献から収集し、データベース化しています。遺伝子名や放射線の種類、時間や量、生物種... 詳細へ

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PubChem Substance

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: PubChem Substanceは、出版社、研究者、化学ベンダー、製薬会社、および多くの重要なケミカルバイオロジーリソースをもつ研究者によって提供された化学物質とその生物活性に関する情報のオー... 詳細へ

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PubChem Compound

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: 化合物名や分子量、CompoundIDなどで化合物の情報を検索することができるサイトです。医薬品名やその効能、LogP値などの物性値も掲載されています。また、類似構造を持つ別の化合物の検索も... 詳細へ

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PubChem BioAssay

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: 化合物を用いた実験結果を参照できるサービスです。どの様な目的で行った実験か、どの様なデータを取得したか、用いた複数の化合物データがPubChemIDと結びついて閲覧することができます。使... 詳細へ

休止
(14日以上)

PTM-Switchboard

運用機関: University of Pennsylvania

生物種: Saccharomyces cerevisiae

説明: 通常のパスウェイデータベースと異なり、出芽酵母の3つの遺伝子の情報を１つのかたまり(MFG triplet)としてみなして文献から情報を収集してデータベースを構築しています。文献からの情報は... 詳細へ

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Pseudomonas Genome Database V2

運用機関: Simon Fraser University

生物種: Pseudomonas

説明: シュードモナスゲノムに関するデータを集めているデータベースで、緑膿菌の一種、PAO1株のゲノムに対するアノテーションが付与されています。それ以外にもシュードモナス属の各種株の情報を... 詳細へ

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Protein Cluster

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: アミノ酸配列の類似度やタンパク質の機能でグルーピングされたRefSeqタンパク(Cluster)を検索するサイトです。BLASTで得られたScoreを基に自動的にグルーピングされ、後に機能詳細などの情報... 詳細へ

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NCBI Protein

運用機関: National Center for Biotechnology Information (NCBI)

生物種: All

説明: タンパク質のアミノ酸配列のデータベースです。SwissProt、PIR、PRFやPDBからのレコードに加え、GenBankやRefSeq、TPAのコード領域から翻訳された配列のレコードもあります。タンパク質につ... 詳細へ

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(14日以上)

PROPHECY: PROfiling of PHEnotypic Characteristics in Yeast

運用機関: Goteborgs universitet

生物種: Saccharomyces cerevisiae

説明: 遺伝子欠損出芽酵母のコレクションの表現系について定量的な情報を提供しているサイトです。成長速度、成長効率、適応時間（成長を始めるまでの時間）を用いて表現系を定量化しています。詳細へ

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PRIMe - Standard Spectrum Search: Platform for RIKEN Metabolomics - Standard Spectrum Search

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種:

説明: PRIMeプロジェクトで分析された標準化合物を検索するウェブアプリケーションです。Standard Spectrum Searchでは、PRIMeプロジェクトで測定されている標準化合物を化合物名またはPubChem Com... 詳細へ

休止
(7日目)

PRIMe - SpinAssign: Platform for RIKEN Metabolomics - SpinAssign

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種:

説明: メタボロミクスにおいて2次元NMRは新しいアプローチです。そのため、スペクトルの測定から物質を帰属する流れは確立されていません。SpinAssignでは、標準化合物の2次元NMRスペクトルデータ... 詳細へ

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