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DBTBS: A database of transcriptional regulation in Bacillus subtilis containing upstream intergenic conservation information

運用機関: 東京大学　医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター

生物種: Bacillus subtilis

説明: 枯草菌の転写因子と結合サイト、遺伝子の制御関係を収集したデータベースです。947件の論文を情報源として、実験的に検証された120の結合因子と1475件の制御関係を収録しています。詳細へ

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

dbQSNP（アーカイブ）: SNPs in the transcriptional promoter regions in human

運用機関: 九州大学　生体防御医学研究所

生物種: Homo sapiens

説明: 遺伝子発現に影響を及ぼす多型のリソースとして、日本人検体を用いて転写開始点周辺のSNPを探索し、その結果を公開しています。遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0K上流および0.2K... 詳細へ

休止
(14日以上)

dbProP: a Protein Polymorphism database

運用機関: 国立研究開発法人放射線医学総合研究所

生物種:

説明: 蛋白質多様性に着目する生物学研究を支援するために、蛋白質コード領域に見出されるアミノ酸変化多型と可変的スプライシングの情報を提供します。ここでは蛋白質多型の概念を遺伝的多型だけ... 詳細へ

DBGET Search

運用機関: 京都大学　化学研究所　附属バイオインフォマティクスセンター

生物種:

説明: ゲノムネットのバックボーンとなる検索システムです。KEGGデータベース群をはじめ、ゲノムネットで公開しているデータベースを統合検索できる窓口です。詳細へ

PRINTS

運用機関: The university of Manchester

生物種:

説明: タンパク質のフィンガープリントを提供しているサイトです。Accession番号やPRINTS code、配列情報などで検索することが可能です。立体構造へのリンクや生物種間の配列比較を行うためのマル... 詳細へ

Database of the RNAi phenotypes for the 168 genes analyzed

運用機関: 東京大学

生物種: Caenorhabditis elegans

説明: 生殖細胞 (germ cell) は種の保存に必須である重要な細胞であるだけでなく、減数分裂という特殊な分裂形式を持ち、全能性や無限増殖能を秘めている極めて興味深い細胞です。しかしながら、生... 詳細へ

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Database of Genomic Variants: A curated catalogue of structural variation in the human genome

運用機関: The Centre for Applied Genomics

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトゲノムにおける構造多型を包括的にまとめたデータベースです。2005年に世界の5つの研究機関、企業が国際コンソーシアム（ヒトゲノム構造多型コンソーシアム）を結成し、多様な人種におけ... 詳細へ

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D-HaploDB（アーカイブ）: Definitive Haplotype Database

運用機関: 九州大学　生体防御医学研究所

生物種: Homo sapiens

説明: 全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造をゲノムブラウザー上に表示します。九州大学生体防御医学研究所によるオリジナルサイト（http: //orca.gen... 詳細へ

CYORF: Cyanobacteria Gene Annotation Database

運用機関: 京都大学　化学研究所　附属バイオインフォマティクスセンター

生物種: Cyanobacteria

説明: らん藻遺伝子に関する全世界の研究者の知識を集約した「コミュニティデータベース」です。らん藻の１種であるSynechocystis sp. PCC6803 の全ゲノム配列は1996年にかずさDNA研究所により決定... 詳細へ

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CyanoBase: Genome database for Cyanobacteria

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Cyanobacteria

説明: 財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したシアノバクテリアを含む、シアノバクテリア、緑色硫黄細菌、紅色非硫黄細菌の全ゲノム配列解析結果を収録しています。2017年にリリースされた... 詳細へ

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Codon Usage Database

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Bacteria | Eukaryota | Viruses

説明: 各生物種のコドン使用頻度を収集しているデータベースです。生物種ごとに、各タンパク質をコードする遺伝子から算出されるコドン使用回数を集計し、千分率で表示しています。GC含量も掲載さ... 詳細へ

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CSA: Catalytic Site Atlas

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種:

説明: 酵素の活性部位を集めたデータベースです。Protein Data Bank (PDB）番号やEC番号、Swiss-Prot番号で検索すると、目的の酵素の活性部位に関する情報と、配列上の活性残基の位置が表示されます。詳細へ

休止
(14日以上)

CORG: Comparative Regulatory Genomics

運用機関: Max-Planck-Institut fur Entwicklungsbiologie

生物種:

説明: 複数のゲノム配列で保存されている非コードDNA領域は、制御エレメントである可能性が高いと考えられます。そこで、10種類の脊椎動物の相同遺伝子の組の上流領域から、保存されている非コード... 詳細へ

運用終了

CluSTr: Clusters of SWISS-PROT and TrEMBL proteins database

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種:

説明: UniProtやIPIに登録されているタンパク質を関連のあるグループに自動的に分類したデータベースです。分類手法は、タンパク配列間のペアワイズ比較法に基づいています。詳細へ

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CIBEX: Center for Information Biology gene Expression database

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ研究センター

生物種:

説明: CIBEXは、EBIのArrayExpress、NCBIのGene Expression Omnibus(GEO)とともに、遺伝子発現データの国際的レポジトリとして機能しているデータベースです。MGEDが提唱したMIAME互換標準フォーマ... 詳細へ

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Chlamydomonas reinhardtii EST index

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Chlamydomonas reinhardtii

説明: かずさDNA研究所で決定したクラミドモナスのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。詳細へ

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ChEBI: Chemical Entities of Biological Interest

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種:

説明: 生命プロセスに介在する小分子化合物の辞典です。ゲノムに直接コード化されている分子（例：核酸、タンパク、ペプチド）はこのデータベースの対象外です。登録されているデータは、多数の情... 詳細へ

休止
(1日目)

CGH Data Base: Comparative Genomic Hybridization Database

運用機関: 東京医科歯科大学　難治疾患研究所

生物種: Homo sapiens

説明: 種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。詳細へ

休止
(14日以上)

CGED: Cancer Gene Expression Database

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種: Homo sapiens

説明: 癌の遺伝子発現データ及び臨床情報の統合データベースです。乳がん、結腸直腸がん、肝細胞がん、食道がん、甲状腺がん、胃がんの遺伝子発現プロファイル解析を行ったデータと詳細な臨床情報... 詳細へ

医用細胞資源センター

運用機関: 東北大学　加齢医学研究所

説明: 東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センターは、国立大学の中で唯一の癌細胞バンクであり、国内外の研究者に多数の細胞株を供給しています。種々のヒト癌細胞、正常細胞、動物腫瘍細胞、正... 詳細へ

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CCDS: Consensus CDS

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 高品質で確実にアノテーション付けされたヒトとマウスのタンパク質コード領域のコアセットを集約し、提供しているデータベースです。詳細へ

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CARD R-BASE: Center for Animal Resources and Development Database

運用機関: 熊本大学　生命資源研究・支援センター

生物種: Mus musculus

説明: 熊本大学生命資源開発研究・支援センター動物資源開発研究部門(CARD)に保存されている遺伝子改変マウスの系統、遺伝子、文献、疾患および応用分野に関する情報が記載されています。また、寄... 詳細へ

運用終了

Cancer Chromosomes

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: ヒト、マウスのがん細胞株の核型解析結果、CGH解析結果、臨床情報等を提供するデータベースです。NCI/NCBIのSKY/M-FISH & CGH Database、NCIのMitelman Database of Chromosome Aberrations ... 詳細へ

BSORF: Bacillus subtilis Genome Database

運用機関: 京都大学　化学研究所　附属バイオインフォマティクスセンター

生物種: Bacillus subtilis

説明: JAFAN（枯草菌の日本機能解析ネットワーク）による枯草菌ORFデータベースです。枯草菌ゲノム上のORFと詳細なアノテーション、変異株リスト、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載さ... 詳細へ

The Comprehensive Enzyme Information System (BRENDA)

運用機関: Technische Universitat Braunschweig

説明: 酵素の機能と特性データを収集した総合的な酵素情報データベースです。データの大半は主要文献から手動で抽出したもので、酵素の機能、構造、生成反応、生物種、活性、実験手法、応用、変異... 詳細へ

運用終了

脳画像データベース

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種: Homo sapiens | Macaca mulatta | Macaca fuscata

説明: ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳のMRI画像の連続写真をデジタル化し、マウスのみの操作で簡便に参照可能なデータベースです。詳細へ

Photographs of mutants in Bombyx mori

運用機関: 東京大学

生物種: Bombyx mori

説明: カイコの突然変異体の写真を集めた画像集です。変異遺伝子名をクリックするとカイコの画像が表示されます。詳細へ

休止
(14日以上)

BioTermNet

運用機関: 東京大学　医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター

生物種:

説明: 情報検索技術と情報抽出技術を用いて、概念ネットワークを自動的に描画するシステムです。このシステムでは、(1)概念の関係性が1件以上の文献アブストラクトに明確に記述されている、(2)それ... 詳細へ

Biomolecules Gallery

運用機関: 九州工業大学

生物種:

説明: 生体分子構造の画像を収集したデータベースです。核酸、タンパク質、タンパク質-DNA複合体、アミノ酸と塩基の相互作用が登録されています。詳細へ

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BDGP: Berkeley Drosophila Genome Project

運用機関: The Berkeley Drosophila Genome Project

生物種: Drosophila melanogaster

説明: ショウジョウバエゲノムプロジェクトのホームページです。ゲノム配列、配列アノテーション、ESTやcDNA、遺伝子発現パターン等のデータを公開しています。クローンやライブラリの分配も行って... 詳細へ

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Barley DB: Barley Bioresource Database

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生物遺伝資源情報総合センター

生物種: Hordeum vulgare

説明: Barley DBでは、岡山大学資源植物科学研究所がナショナルバイオリソースプロジェクトオオムギの代表機関として保存している分譲可能なオオムギリソース情報（オオムギ各系統の種子や穂の写真... 詳細へ

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

運用機関: ATLAS

生物種:

説明: 「Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology」はオンラインの査読付きジャーナルおよびデータベースで、癌や高発癌性疾患の遺伝学や臨床情報を扱っています。細胞遺... 詳細へ

公開停止中

Aspergillus oryzae EST DataBase

運用機関: 独立行政法人酒類総合研究所

生物種: Aspergillus oryzae

説明: 麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し、公開しています。全21,368クローンか... 詳細へ

運用終了

ARTADE: ARabidopsis Tiling-Array-based Detection of Exons

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: シロイヌナズナのゲノムワイドタイリングアレイデータのアノテーションのためのプログラムです。シロイヌナズナのタイリングアレイデータにATRADEを適用した結果をデータベース化し、Webから... 詳細へ

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ArrayExpress: ArrayExpress Archive

運用機関: European Bioinformatics Institute

生物種:

説明: 遺伝子発現を含む機能ゲノミクス実験データの欧州版アーカイブです。ユーザはMIAMEおよびMINSEQE形式のデータを登録したりダウンロードすることが可能です。詳細へ

運用終了

ArkDB

運用機関: The Roslin Institute （University of Edinburgh）

説明: 家畜やその他の動物のゲノムマッピングデータを提供する公共レポジトリです。ネコ、ニワトリ、ウシ、シカ、アヒル、ウマ、ブタ、ウズラ、サケ、シーバス、ヒツジ、シチメンチョウのマイクロ... 詳細へ

運用終了

ARCHAIC: Archaebacterial Information Collection

運用機関: 独立行政法人産業技術総合研究所

生物種: Pyrococcus sp. OT3 | Thermoplasma volcanium GSS1 | Archaeoglobus fulgidus

説明: 古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供しているデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的手法を用いて解析することにより... 詳細へ

運用終了

Arch GeNet: Archaeal Gene Network

運用機関: 独立行政法人産業技術総合研究所

生物種: Thermoplasma volcanium GSS1

説明: 好熱性古細菌 (Thermoplasma volcanium GSS1)において、環境適応性に関わる発現プロファイルの同定結果を収録したデータベースです。3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで測定... 詳細へ

ANIMAL SEARCH SYSTEM (マウス系統検索）

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Mus musculus

説明: ヒトのモデル動物として遺伝子機能の解明、病気の治療法や薬の開発に役立つマウスについて、その系統の収集・保存・提供を実施しています。このマウス系統検索では、フリーキーワード、系統... 詳細へ

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AAindex: Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials

運用機関: 京都大学　化学研究所　附属バイオインフォマティクスセンター

生物種:

説明: アミノ酸やアミノ酸ペアの物理化学的、生化学的な様々な特性を、過去の文献データの収集とクラスター解析により数値で指標化したデータベースです。AAindex1、AAindex2、AAindex3の3つのデー... 詳細へ

休止
(14日以上)

5'SAGE: 5'-end serial analysis of gene expression database

運用機関: 東京大学　大学院新領域創成科学研究科

生物種: Homo sapiens

説明: ヒト細胞株11ラインについて、5' SAGE法を用いて網羅的に遺伝子発現の解析を行った結果を収録したデータベースです。ライン間の発現の違いが分かりやすく表示されます。オリジナルSAGE法は3... 詳細へ

休止
(14日以上)

3DinSight

運用機関: 九州工業大学

生物種:

説明: 生体分子の構造、機能及び物性に関する統合型データベースです。蛋白質立体構造データベース (PDB)を中心に、PROSITE、Protein Mutant Database (PMD)などの機能情報、PIR、SWISSPROT、アミ... 詳細へ

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Integbioデータベースカタログ

運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構　バイオサイエンスデータベースセンター

生物種:

説明: 国内外の生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースについての説明や生物種などの基本的な属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベースです。文部科学省、厚生労働省、農林... 詳細へ

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