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The RNA Modification Database

運用機関: University at Albany

生物種: Eukaryota | Bacteria | Archaea

説明: 転写後に自然修飾されるRNAに関するデータベースです。古細菌、真正細菌及び真核生物の全RNAからの転写後修飾ヌクレオシドの包括的リストを提供してします。各エントリーには、修飾ヌクレオ... 詳細へ

休止
(14日以上)

The Kidney Development Database

運用機関: University of Edinburgh

生物種: Vertebrata

説明: 腎臓の発達に関するデータベースです。発達過程や腎臓の部位等で区別されて、変異やマーカー、遺伝子発現情報を検索することができます。発現データは次のサイトへ移行されています。http://... 詳細へ

休止
(14日以上)

The Contents Library of Medical Information

運用機関: 東北大学

生物種: Homo sapiens

説明: 第一線で診療に当たる医師の修学の機会をインターネットを利用して提供することを目的とし、診断・治療に関する多数のコンテンツが用意されています。詳細へ

THE CANDIDA ALBICANS PHYSICAL MAP WEBSITE

運用機関: University of Minnesota

生物種: Candida albicans

説明: カンジダ・アルビカンスの物理地図、SNP地図のデータベースです。詳細へ

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TFdb: Riken Transcription Factor Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Mus musculus

説明: 本データベースはマウスの転写因子遺伝子とその関連遺伝子を収録したデータベースです。マウスゲノムの非冗長な転写因子遺伝子セットが提供されます。遺伝子名、Gene Ontology、InterPro、Re... 詳細へ

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Taxonomy - NCBI

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: NCBI Entrezデータベースに少なくとも1件以上登録されている全ての生物種と上位分類名を収集したデータベースです。160,000以上の生物種が登録されています。各エントリーには、学名、英名、... 詳細へ

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TassDB2: Tandem Splice Site DataBase

運用機関: Leibniz Institute on Aging - Fritz Lipmann Institute (FLI)

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: GY(N)0-10GYNドナーとNAG(N)0-10AGアクセプター間で生じる選択的スプライシングに関するデータを提供しています。現在、ヒトとマウスの遺伝子について、2-12塩基の距離にあるタンデムスプラ... 詳細へ

Tandem Repeats Database

運用機関: Boston University

説明: ゲノムDNAのタンデムリピート情報を収集したデータベースです。UCSCのゲノムデータをデータソースとしています。ゲノムごとに、タンデムリピート配列、サイズ、コピー数、塩基含量％が表示さ... 詳細へ

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TAIR: The Arabidopsis Information Resource

運用機関: Ohio State University

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: シロイヌナズナについて、ゲノム、遺伝子、分子生物学的データなどを包括的に収集したデータベースです。注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、... 詳細へ

休止
(14日以上)

TAB project: Transcription Analysis of BY-2

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Nicotiana tabacum

説明: 植物のモデル細胞として最も広く用いられているタバコ培養細胞株BY-2について、cDNAライブラリを構築し、EST解析を行いました。各ESTの配列や相同性検索結果を公開しています。詳細へ

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SWISS-2DPAGE: SWISS-Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis database

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics

説明: 様々な2D-PAGEやSDS-PAGEを用いて同定されたタンパク質のデータを収録しています。各エントリーには、タンパク質名、生物種、文献、電気泳動マップと該当スポット、UniProtKB/Swiss-Protのア... 詳細へ

Swine Marker Viewer

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Sus scrofa

説明: ブタのDNAマーカー情報です。プライマー情報、連鎖地図、RH地図を提供しています。詳細へ

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SubtiWiki

運用機関: Georg-August-Universitat Gottingen

生物種: Bacillus subtilis

説明: 枯草菌の遺伝子とタンパク質に関する統合データベースです。遺伝子名、機能説明、分子量、タンパク質の長さ、タンパク質の機能などの詳細情報や、パスウェイ、タンパク質ータンパク質の相互... 詳細へ

SubtiList World-Wide Web Server

運用機関: Institut Pasteur

生物種: Bacillus subtilis

説明: B. subtilis 168株由来の完全DNA配列およびタンパク配列のデータセットを提供しています。遺伝子名やゲノム位置、キーワード等の様々な条件で検索することができます。枯草菌ゲノムシーケン... 詳細へ

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Structure

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: Structure（またはMMDB）は、Protein Data Bank (PDB)に登録されている結晶解析やNMR構造解析の実験データを収録しているデータベースです。タンパク、DNA、RNAそれぞれ単独の構造や、これら... 詳細へ

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STRING: Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins

運用機関: STRING開発チーム

生物種: Bacteria | Archaea | Eukaryota | Viruses

説明: タンパク質相互作用情報のデータベースです。相互作用は既知のものと推定のものがあり、直接的（物理的）および間接的（機能的）関係が含まれています。情報源は高スループット実験や共発現... 詳細へ

STRBase: Short Tandem Repeat DNA Internet Database

運用機関: National Institute of Standards and Technology

生物種: Homo sapiens

説明: STRマーカーを用いる法医学DNAタイピングコミュニティのための情報リソースとして、1997年から運用されています。STRシステムの配列情報、人口データ、一般的に使用されている多重STRシステ... 詳細へ

SRPDB: Signal Recognition Particle Database

運用機関: Department of Biochemistry
University of Texas Health Science Center

生物種: Bacteria | Archaea | Eukaryota

説明: シグナル認識粒子(SRP)の構造と機能に関するデータベースです。アノテーション付けされたSRP RNAとSRPタンパクの配列を提供しています。SRPコンポーネントの構造情報の他に、比較配列解析に... 詳細へ

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SRA: Sequence Read Archive

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: 次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。現在扱っているプラットフォームは454(ロシュ)、Genome Analyzer(イルミナ)、SOLiD(アプライドバイオシステムズ)、Heliscope(ヘ... 詳細へ

運用終了

SpBase: Strongylocentrotus purpuratus database

運用機関: California Institute of Technology

生物種: Echinoidea

説明: ムラサキウニのcDNAマイクロアレイライブラリおよびゲノムDNAについてのデータベースです。アメリカムラサキウニ（Strongylocentrotus purpuratus）とその近縁種のゲノムレベルの情報や材料... 詳細へ

rsoy: RIKEN Soybean Full-Length cDNA Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Glycine max

説明: ダイズの完全長cDNAの全データを閲覧できるデータベースです。理化学研究所では世界で初めてダイズの完全長cDNAを大規模に解析し、約23,000種のcDNAの全データを公開しました。本研究では、... 詳細へ

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SNPedia

運用機関: River Road Bio

生物種: Homo sapiens

説明: SNPediaは、ヒトのDNA変異に関する情報共有を目的としたwiki形式のサイトです。遺伝子名、ゲノム、医薬品名、病名のリストから、それぞれSNP情報を確認することができます。詳細へ

snOPY: snoRNA Orthological Gene Database

運用機関: 宮崎大学　フロンティア科学実験総合センター

生物種: Eukaryota

説明: snoRNA(核小体低分子RNA)のオーソログの情報を整備することを目的に、生物種ごとのsnoRNAの情報を網羅したデータベースを構築しています。現在は、35生物種15,619件のsnoRNAについて、配列や... 詳細へ

SMART: Simple Modular Architecture Research Tool

運用機関: EMBL Heidelberg

説明: シグナル伝達タンパク質、細胞外タンパク質、クロマチンタンパク質のドメインのデータベースです。系統分類、機能クラス、立体構造、機能上重要な残基の情報があります。キーワード検索、HMM... 詳細へ

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

SEVENS

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所

生物種: Eukaryota

説明: Gタンパク共役型受容体（7回膜貫通タンパク質）遺伝子を既知のゲノム配列より予測した結果を収録しています。56種の真核生物ゲノムからバイオインフォマティクスツール（遺伝子検索ツール、... 詳細へ

ラット系統検索 - RIKEN BRC

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

生物種: Rattus norvegicus

説明: 理研バイオリソースセンターで管理しているラットの系統の一覧が表示されます。RBRC No.やタイプ、系統名、特徴、文献、提供者が記述されています。詳細へ

Schizosaccharomyces pombe Postgenome Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所

生物種: Schizosaccharomyces pombe

説明: 理研吉田化学遺伝学研究室で得られた分裂酵母Schizosaccharomyces pombe全遺伝子のクローニングに関する情報と、全タンパク質の細胞内局在情報、画像などが閲覧できます。現在、Sanger研究所... 詳細へ

一括ダウンロード可

Wellcome Trust Sanger Institute

運用機関: Wellcome Trust Sanger Institute

生物種: Bacteria | Eukaryota | Viruses

説明: サンガー研究所の研究部門やプロジェクトの紹介と、研究所で配列決定したゲノムデータのダウンロードサイト、開発したデータベースのリンク集とソフトウエアのダウンロードサイト、マウスと... 詳細へ

SALAD Database: Surveyed conserved motif ALignment diagram and the Associating Dendrogram

運用機関: 国立研究開発法人　農業・食品産業技術総合研究機構

生物種: Oryza sativa

説明: SALADデータベースでは、植物間のアミノ酸配列の類似性をもとにデンドログラムを作成し、機能的に似たタンパク質をクラスタリングすることができます。特徴として、保存領域（モチーフ）の有... 詳細へ

運用終了

SABRE: Systematic consolidation of Arabidopsis and other Botanical REsource

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

説明: 植物で最も解析が進んでいるシロイヌナズナの研究成果を集めたデータベース「TAIR」の遺伝子情報を軸（串）とし、研究グループで収集・保存・提供しているシロイヌナズナ、ヒメツリガネゴケ... 詳細へ

S/MARt DB: The S/MAR transaction DataBase

運用機関: Gesellschaft fur Biotechnologische Forschung

生物種: Eukaryota

説明: 真核生物ゲノムにおけるMAR（マトリックス結合領域）、または、SAR（スキャフォールド付着領域）と呼ばれる核マトリックスに付着する染色体DNA配列と、それらに結合する核マトリックスタンパ... 詳細へ

休止
(14日以上)

RPOPDB: RIKEN Populus Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Populus

説明: 10種類のポプラとヨーロッパクロマツのゲノム情報を収録したデータベースです。mRNAは、GenBank/DDBJ/EMBLを情報源としています。理研で収集、アノテーションしたPopulus nigra 完全長cDNA配... 詳細へ

ROUGE: A Database of Rodent Unidentified Gene-Encoded Large Proteins Analyzed by Kazusa Mouse cDNA Project

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Mus musculus

説明: かずさDNA研究所が同定したヒト長鎖遺伝子(KIAA cDNAs)のマウスホモログ(mKIAA cDNAs)の情報公開と遺伝子の配布を行っています。各エントリーにつき、クローン情報、cDNA配列、制限酵素マッ... 詳細へ

RIKEN-CIAT Cassava Full-Length Clone Database Search

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

生物種: Manihot esculenta

説明: 理研バイオリソースセンターが提供する、キャッサバの完全長cDNAクローンのデータベース検索サイトです。リソース番号、NCBI番号、クローン名やBLASTによる検索が可能です。詳細へ

RSGI: RIKEN Structural Genomics　Proteomics Initiative

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種:

説明: 理研構造プロテオミクス研究推進本部 (RSGI)のサイトです。ヒト、マウス、シロイヌナズナ、高度好熱菌、古細菌などを対象として、生命活動に重要なタンパク質や、創薬などの産業に有用なタン... 詳細へ

運用終了

SciNeS: Scientist's Networking System

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種:

説明: 理研サイネスは、セマンティックウェブに準拠したウェブシステムです。セキュリティで区切られた多数のバーチャルラボを同時並列的に内包できるクラウド型のウェブシステムで、理研の生命情... 詳細へ

運用終了

RIKEN Mouse Genome Encyclopedia DNABook

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Mus musculus

説明: 6万以上のマウス完全長cDNAクローンを収録したDNAブックです。DNAブックとは、DNAを固相化して紙に固定し、書籍の形にする技術です。通常の宅配便などで多種類のDNAを印刷された情報とともに... 詳細へ

運用終了

RIKEN Human cDNA Encyclopedia Metabolome DNABook

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトの代謝に関する遺伝子DNAを収録したDNAブックです。詳細へ

運用終了

RIKEN Hub Database

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種:

説明: 理研には約400の研究室があり、それぞれが自発的に研究成果の発表を行っています。データ公開も様々な形式で行われ、現在約80のデータ提供サイトがWeb上で公開されています。このため、どこ... 詳細へ

RIKEN BRC PLANT DATABASE SERCH - BLAST Search

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

説明: 理研BRC実験植物開発室で提供しているシロイヌナズナを中心とした植物遺伝子材料のBLAST検索ができます。詳細へ

JCM微生物リソースメタデータ

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

生物種:

説明: 理研バイオリソースセンターが生物遺伝材料として提供する微生物株を収録しています。様々な種の微生物について、株としての情報を特性や表現型情報も含めて提供しています。生物種名、来歴... 詳細へ

RIKEN BRC DNA BANK

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus | Mus musculus | Macaca fuscata | Pan troglodytes

説明: 理研・遺伝子材料開発室（旧DNA開発銀行）が収集した汎用宿主ベクター系とクローン化遺伝子を中心に、様々な研究機関、研究者から寄付・寄託された「動物および微生物のDNA」の収集・保存・... 詳細へ

RIKEN BRC CELL BANK

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

説明: 理研・細胞材料開発室が収集、培養し、提供する細胞株のデータベースです。従来の培養細胞株に加えて、ヒトのiPS細胞、胚性幹細胞（ES細胞）、体性幹細胞（臍帯血、間葉系幹細胞等）、マウス... 詳細へ

RIKEN BRC Arabidopsis activation (T-DNA)-tagged lines

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: シロイヌナズナのアクティベーションタグラインは、理研バイオリソースセンター（BRC）または理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異探索研究チームにおいて... 詳細へ

RIKEN BRCのバイオリソース

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　筑波研究所

説明: マウスを中心とした実験動物、シロイヌナズナを中心とした実験植物、ヒトや動物の細胞材料、微生物・動物・ヒト由来DNA等の遺伝子材料、微生物材料等、ライフサイエンス研究の発展に不可欠... 詳細へ

RIKEN Arabidopsis Activation tagging line

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: このデータベースは、約500のシロイヌナズナ形態的変異株についての形質とT-DNA挿入部位のゲノムDNA配列について記載されたものです。アクティベーションタギング法によりシロイヌナズナの... 詳細へ

運用終了

Rice Full-Length cDNA Encyclopedia DNABook

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Oryza sativa

説明: イネ完全長cDNA約3万2千個を収録したDNAブックです。農業生物資源研究所の所有する約3万2千個のイネcDNAをより一層有効活用する手段の1つとして、1冊の本の中にそれらの全cDNAを貼付けた書籍... 詳細へ

休止
(14日以上)

Rhodococcus genome Project

運用機関: Rhodococcus Genome Project

生物種: Rhodococcus sp. strain RHA1

説明: PCB分解微生物Rhodococcus sp.のRHA1株について、ゲノムDNA配列やアノテーション結果を提供しています。BLAST検索やゲノムブラウザの利用も可能です。詳細へ

RIKEN ENU-based gene-driven mutagenesis system

運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所　横浜研究所

生物種: Mus musculus

説明: 理研ENU-based gene-driven mutagenesis system (RGDMS)は次世代版ジーンターゲッティングシステムとして一般に公開しています。新規変異マウス研究開発チームは、RGDMSを主要な業務活動のひ... 詳細へ

一括ダウンロード可

Rfam: RNA family database

運用機関: EMBL-EBI

生物種: Bacteria | Archaea | Eukaryota | Viruses

説明: 構造RNAの配列ファミリーを収録したデータベースです。RNAファミリーは、非コードRNA遺伝子、シス制御エレメント、自己スプライシングRNAの3つに分類され、保存された二次構造を持つことが知... 詳細へ

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