データベースのレコード一覧

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GTOP (Rice version):  Genomes to protein structures and functions
運用機関: 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種: Oryza sativa
説明: 国立遺伝学研究所が公開している「GTOP」のイネ限定版です。GTOPはゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースで、配列相同性解析を主な手段として... 詳細へ
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運用機関: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明: ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースです。配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測(対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLAST... 詳細へ
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運用機関: Agricultural Research Service of the US Department of Agriculture
生物種: Avena | Triticeae
説明: GrainGenesは様々なクラスの内容を検索することができます。クラスは研究に携わっている論文著者名、遺伝子名、文献、多型情報、タンパク情報、配列情報等があります。その他にもBLASTやCmap... 詳細へ
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運用機関: 立命館大学
生物種:
説明: 抗糖鎖抗体やその抗体が反応する生体の組織情報、抗体が認識する糖鎖をキャリーしているタンパク質や脂質、糖転移酵素、文献情報などを格納しています。 詳細へ
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運用機関: Pennsylvania State University
生物種: Mammalia
説明: 哺乳類βグロビン遺伝子群の配列や実験結果を収めたデータベースです。自然におこるヒトヘモグロビンの変異とその影響、βグロビン遺伝子クラスターの調整に関する実験データについての情報が... 詳細へ
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運用機関: 京都大学 大学院薬学研究科
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明: Gタンパク質共役受容体(GPCR)は、細胞外の化学的情報を細胞内に伝達する機能を有する膜タンパク質であり、創薬標的として最も注目されている遺伝子ファミリーの1つです。200以上のヒト由来G... 詳細へ
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運用機関: 岐阜県国際バイオ研究所
生物種: Homo sapiens
説明: このデータベースは、ヒトミトコンドリアゲノムの全塩基配列の解析に基づき、ミトコンドリアゲノムに分布する多型と、多型の相互連鎖、疾患との関連、多型の機能的相違に関する総合的情報を... 詳細へ
運用機関: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種: Archaea | Bacteria | Plasmodium falciparum | Guillardia theta | Leishmania major strain Friedlin | ...
説明: 既に公開されている微生物ゲノムに対して、付加されている生物学的情報や配列を検索、取得できるデータベースシステムです。古細菌、真正細菌、数種類の真核生物のデータが登録されています。 詳細へ
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運用機関: 京都大学 大学院理学研究科
生物種: Ciona intestinalis
説明: カタヤユウレイボヤ(Ciona intestinalis)のゲノムDNAおよびcDNAが登録されています。ゲノムブラウザの利用やBLAST検索の実行、発生ステージごとの遺伝子発現パターンの検索などが可能です... 詳細へ
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運用機関: Universite de Rennes
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Saccharomyces cerevisiae | Arabidopsis thaliana | ...
説明: GermOnlineは、生殖系列発生、減数分裂、配偶子形成、有糸分裂細胞周期に着目した異種生物間のマイクロアレイ遺伝子発現データベースです。(1)GeneChipデータ、(2)Multiomics Information Ma... 詳細へ
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運用機関: National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明: マイクロアレイや次世代シーケンサー、メチル化、その他、高スループット実験で得られた機能ゲノムデータを登録、公開、配布しているレポジトリサイトです。登録データの実験情報の記述内容... 詳細へ
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運用機関: 山口大学 理学部
生物種:
説明: Genome Object Net (GON) は、生体パスウエイのモデリングやシミュレーションのためのソフトウェアプラットフォームで、hybrid functional Petri net (HFPN)とXML技術を基本としています。本... 詳細へ
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運用機関: 北里大学 北里生命科学研究所
生物種: Streptomyces avermitilis
説明: 抗寄生虫剤エバーメクチンを生産する放線菌Streptomyces avermitilisの全ゲノム配列と、さまざまなアノテーションが掲載されています。配列情報、物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパ... 詳細へ
運用機関: 奈良先端科学技術大学院大学
生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 | Escherichia coli str. K-12 substr. W3110
説明: 大腸菌K-12 (W3110)の生細胞システムを包括的に理解するためのデータベースです。大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトームの解析結果、変異株や転写制御に関する文献を... 詳細へ
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運用機関: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
説明: マイクロアレイ発現データやゲノム上の位置情報などの多様なデータを統合して、遺伝子の機能ネットワークを推定します。 詳細へ
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運用機関: Weizmann Institute of Science/Department of Biological
生物種: Homo sapiens
説明: AffymetrixのプローブセットHG-U95, HG-U133, HG-U133 Plus2.0のアノテーション情報を提供するデータベースです。プローブセットの情報はGeneCards geneとリンクしており、直接プローブ配列... 詳細へ
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運用機関: The GO Consortium
生物種:
説明: 遺伝子オントロジー(Gene Ontology;GO)とは、生物学的概念を記述するための標準となる語彙を策定しようとするプロジェクトです。GOで定義された用語はGO Termと呼ばれ、Cellular component... 詳細へ
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運用機関: National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明: 生物種別の遺伝子単位でエントリーを構成しており、NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載しています。染色体上の位置、配列、発現、構造、機能、ホモロジーデータの... 詳細へ
運用機関: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種: Schizosaccharomyces pombe | Saccharomyces cerevisiae | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Mus musculus | ...
説明: 遺伝子と遺伝子産物の正式名、シンボル(記号)、同義語を容易に見つけることができるデータベースです。データは、HUGO、OMIM、Genatlas、LocusLink、GDB、MGI、FlyBase、WormBase、CYGD、S... 詳細へ
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GeMDBJ:  Genome Medicine Database of Japan
運用機関: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種: Homo sapiens
説明: 疾患ゲノムデータベースは、アルツハイマー病、がん、糖尿病、高血圧、喘息および薬理遺伝学(ファーマコジェネティクス)のためのミレニアム・ゲノム・プロジェクト(MGP)研究グループ(SGM... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種: Homo sapiens
説明: 「遺伝子多様性モデル解析事業」において、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム(JBiC)はモデル疾患として選択した幾つかの多因子性疾患に関する遺伝子多型情報等を収集・解析し、疾患の... 詳細へ
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運用機関: GBIF Secretariat
生物種:
説明: 世界各国の自然史博物館、研究機関、大学などが維持している標本のデータと野生生物の観測のデータを集めたポータルサイトです。 詳細へ
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運用機関: 東京大学 医科学研究所
生物種: Toxoplasma gondii
説明: トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベースです。各クローンのESTはドラフトゲノム配列(コンティグ)にマップされています。 詳細へ
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運用機関: 東京大学 医科学研究所
生物種: Plasmodium falciparum | Plasmodium vivax | Plasmodium yoelii | Plasmodium berghei
説明: ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)の完全長cDNAデータベースです。発現遺伝子の5'端塩基配列をゲノム配列上にマップしています。TBLASTXを用いて、P.falciparumゲノムをテンプ... 詳細へ
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運用機関: 東京大学 医科学研究所
生物種: Homo sapiens
説明: 完全長ヒトcDNAの配列データベースです。GENBANKフォーマット、FASTAフォーマットそれぞれをダウンロードすることが可能です。 詳細へ
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運用機関: University of Munster
生物種: Drosophila melanogaster
説明: ショウジョウバエの成長過程や遺伝情報、特に遺伝子発現パターンに関する画像データベースです。ショウジョウバエの主要データベースであるFlyBase (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nb... 詳細へ
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運用機関: Genetics Society of America
生物種: Drosophila
説明: ショウジョウバエの遺伝情報のデーターベースです。BLASTやGenomeBrowser、分類情報検索やショウジョウバエの成長過程を記録、描画した画像データも含まれています。 詳細へ
運用機関: 中央大学 理工学部
生物種: Homo sapiens | Rattus | Mus | Archaea | Bacteria | ...
説明: 全自動ホモロジーモデリングソフトFAMS (Full Automatic Modeling System) を用いてモデリングされた277生物種のタンパク質構造モデルデータベースです。ヒトや新型インフルエンザタンパク質... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明: Protein Data Bank (PDB)に登録されている酵素の立体構造を情報源として、文献情報などに基づき、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各エントリーには、酵素番号(EC number)、PDB番号、... 詳細へ
運用機関: 国立研究開発法人海洋研究開発機構
生物種:
説明: 海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションを公開しています。染色体マップ、タンパクコード遺伝子の基本情報、RNAのコドン使用頻度、tRNA、rRNA、挿入配列な... 詳細へ
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ECGB:  Eukaryotic Comparative Genome Browser (真核生物比較ゲノムブラウザ)
運用機関: 独立行政法人科学技術振興機構
生物種: Eukaryota
説明: この比較ゲノムブラウザでは、ヒトやチンパンジー、マウス、ラットなどの真核生物の比較ゲノミクス解析の結果を提供しています。比較ゲノミクス解析は、新規遺伝子の発見や、ゲノム進化につ... 詳細へ
運用機関: 東京工業大学 大学院生命理工学研究科
生物種: Escherichia coli O157:H7 str. Sakai
説明: 腸管出血性大腸菌 O157:H7 Sakai株のゲノム情報データベースです。染色体やプラスミドの種々の情報検索や、関連論文の検索が利用できます。 詳細へ
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運用機関: 大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明: eProtS(タンパク質構造百科事典)は、生物学的に重要なタンパク質を選び、その立体構造を表示するとともに、タンパク質の構造と機能についてわかりやすく解説したものです。日本語版と英語... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人理化学研究所 筑波研究所
生物種: Mus musculus
説明: 理研GSC ENU誘発による大規模マウス突然変異体作製プロジェクトにおいて作製されたマウスラインと関連リソースを検索できます。プロトコルやプロジェクト情報も掲載されています。 詳細へ
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運用機関: National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明: NCBI Entrezは、PubMed、核酸、アミノ酸配列、発現データ、PubChem (生化学的な働きをする小分子)、タンパク質構造、解読が完了したゲノム、TaxonomyといったNCBIの主要な30以上ものデータベ... 詳細へ
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運用機関: Wellcome Trust Sanger Institute
生物種:
説明: ゲノム解読された脊椎生物およびその他の主要な真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSan... 詳細へ
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運用機関: European Bioinformatics Institute
生物種:
説明: 欧州の核酸配列レポジトリで、個々の研究者やゲノム配列決定プロジェクトから提供される配列データの登録と配布を行っています。GenBank(米国), DDBJ(日本)と国際的なコラボレーションを行っ... 詳細へ
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運用機関: 熊本大学 生命資源研究・支援センター
生物種: Mus musculus
説明: 熊本大学発生医学研究センター臓器形成分野で作製した可変型遺伝子トラップクローンのデータベースです。トラップした遺伝子に関する情報や5'-RACE法による同定情報、トラップクローンから樹... 詳細へ
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運用機関: 大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明: タンパク質の分子表面に関するデータベースで、分子認識機構の分析に有用な情報を提供しています。Protein Data Bankの構造について、静電的ポテンシャルと疎水的性質を活性部位のコノリー表... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人製品評価技術基盤機構
生物種: Aeropyrum pernix K1 | Anaerolinea thermophila UNI-1 | Arthrospira platensis NIES-39 | Aspergillus oryzae RIB40 | Brevibacillus brevis NBRC 100599 | ...
説明: NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。こ... 詳細へ
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運用機関: University of California
生物種: Saccharomyces cerevisiae | Drosophila melanogaster | Escherichia coli | Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | ...
説明: Yeast two-hybrid等の生化学実験によって決定されたタンパク質間相互作用のデータベースです。相互作用するタンパク質の情報の他に、相互作用マップを提供しています。相互作用マップでは、... 詳細へ
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運用機関: 京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源センター
生物種: Drosophila
説明: 「DGRC」はショウジョウバエ系統の統合検索システムです。現在のところ、ナショナル・バイオリソース・プロジェクト「ショウジョウバエ」の事業担当機関(京都工芸繊維大学、国立遺伝学研究... 詳細へ
運用機関: 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
生物種: Deinococcus
説明: 放射線耐性菌(Deinococcus) について、DNA修復関連タンパク質のアミノ酸配列、ゲノム上の位置、相互作用の情報が公開されています。ORFのアノテーションに注力しています。サイトでは、デー... 詳細へ
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運用機関: 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
生物種:
説明: 欧州と米国の対応機関(EBIとNCBI)と密接に関係しながら、DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースを構築している三大国際データバンクのひとつです。 詳細へ
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運用機関: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Plasmodium falciparum | Cyanidioschyzon merolae | Rattus norvegicus | ...
説明: ヒト、マウス、その他の真核生物の正確な転写開始点を収録したデータベースです。mRNA 5'端に存在するキャップ構造を特異的に選別するオリゴキャッピング法を用いて取得した最新の完全長cDNA... 詳細へ
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運用機関: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種: Ciona
説明: ホヤ等の被嚢類の転写制御の情報を、文献より抽出したデータベースです。実験情報、遺伝子発現の局在、結合配列、プロモータ領域、文献情報などが収録されています。 詳細へ
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運用機関: 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種: Bacillus subtilis
説明: 枯草菌の転写因子と結合サイト、遺伝子の制御関係を収集したデータベースです。947件の論文を情報源として、実験的に検証された120の結合因子と1475件の制御関係を収録しています。 詳細へ
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運用機関: 九州大学 生体防御医学研究所
生物種: Homo sapiens
説明: 遺伝子発現に影響を及ぼす多型のリソースとして、日本人検体を用いて転写開始点周辺のSNPを探索し、その結果を公開しています。遺伝子のプロモータ領域(主としてTSSより1.0K上流および0.2K... 詳細へ
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運用機関: 国立研究開発法人放射線医学総合研究所
生物種:
説明: 蛋白質多様性に着目する生物学研究を支援するために、蛋白質コード領域に見出されるアミノ酸変化多型と可変的スプライシングの情報を提供します。ここでは蛋白質多型の概念を遺伝的多型だけ... 詳細へ
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運用機関: 京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
説明: ゲノムネットのバックボーンとなる検索システムです。KEGGデータベース群をはじめ、ゲノムネットで公開しているデータベースを統合検索できる窓口です。 詳細へ