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Comparative Toxicogenomics Database: CTD

運用機関: North Carolina State University

説明: ヒトの健康に対する環境化学物質の影響についてのデータベースです。化学物質と遺伝子、化学物質と疾患、および遺伝子と疾患の関係についてのデータを、学術的文献から手動でキュレーション... 詳細へ

Immuno-Polymorphism Database: IPD

運用機関: European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), HLA Informatics Group, Anthony Nolan Research Institute

生物種: All

説明: 免疫系の遺伝子の多型性の研究のための統合データベースです。以下のデータベースで構成されています。IMGT/HLA : ヒトMHC (HAL)の配列KIR : ヒトKIR（Killer-cell Immunoglobulin-like Rece... 詳細へ

PlantRNA

運用機関: Plant Molecular Biology Institute (IBMP)

説明: 完全にアノテーションを付された植物の核、プラスチドおよびミトコンドリアのゲノムから収集された tRNA 遺伝子配列を集約したデータベースです。各 tRNA 遺伝子について、線形二次構造なら... 詳細へ

MetaboLights: MTBLS

運用機関: Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge, European Molecular Biology Laboratory (EMBL)

生物種: All

説明: メタボロミクスの実験や派生情報に関するデータベースです。異種間および異なる技法のデータが収載されており、代謝生成物の構造とそれらの参照スペクトル、生物学的役割、位置、濃度、なら... 詳細へ

GenomeRNAi

運用機関: Division Signaling and Functional Genomics, German Cancer Research Center (DKFZ) and University of Heidelberg

生物種: Drosophila melanogaster | Homo sapiens

説明: 文献で公開されたホモサピエンスおよびキイロショウジョウバエのRNAi表現型ならびにRNAi試薬に関する詳細情報のコレクションです。文献タイトル、解析方法、生物種、遺伝子ID、試薬IDなどの... 詳細へ

OrtholugeDB

運用機関: Fiona Brinkman Laboratory, Simon Fraser University

生物種: Archaea | Bacteria

説明: 配列が完全に決定された細菌ゲノムおよび古細菌ゲノムのオーソログに基づくオーソロジー予測を収録したデータベースです。以下の検索機能が含まれています。（１）１つのリファレンスゲノム... 詳細へ

休止
(13日目)

Type IV Secretion system Resource: SecReT4

運用機関: Shanghai Jiao Tong University

生物種: Bacteria

説明: 細菌におけるIV型分泌機構（T4SS）および同型のエフェクターのためのウェブベースのリソースです。染色体やプラスミドについて、系統、レプリコン、位置、機能、遺伝子のブラウザ情報が収録... 詳細へ

PTMcode

運用機関:

説明: 相互作用タンパク質内および相互作用タンパク質間のタンパク質翻訳後修飾（PTM）の機能的関連について、既知および予測のデータを集めたリソースです。（1）同様の進化歴を有するPTMの対を抽... 詳細へ

Human Ageing Genomic Resources: HAGR

運用機関: Institute of Integrative Biology, University of Liverpool

説明: 老化に関する生物学と遺伝学のためのデータベースとツールのコレクションです。手作業でキュレーションされた高品質のデータを備えた以下のデータベースを取り上げています。1）GenAge は、... 詳細へ

休止
(14日以上)

Whole-Cell Knowledge Base: WholeCellKB

運用機関: Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics

生物種: Mycoplasma genitalium

説明: 全細胞モデルを実現するべく設計された、モデル生物データベースのオープンアクセスコレクションです。現在、グラム陽性細菌で一般的なヒト病原体であるマイコプラズマ・ジェニタリウムのデ... 詳細へ

The Yeast Metabolome DataBase: YMDB

運用機関:

生物種: Saccharomyces cerevisiae

説明: パン酵母、ビール酵母としても知られる出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）に内在または産生される低分子代謝産物に関する、手作業でキュレーションされたデータベースです。書籍、科学雑... 詳細へ

WikiPathways

運用機関: Universiteit Maastricht, Gladstone Institutes

説明: 生物学的パスウェイのキュレーションに特化したオープンな共同プラットフォームです。パスウェイマップとそれを構成するタンパク質や遺伝子の配列、機能、ゲノムブラウザなど詳細情報へのリ... 詳細へ

Virus Pathogen Database and Analysis Resource: ViPR

運用機関: J. Craig Venter Institute (JCVI), Northrop Grumman Health IT, Vecna Technologies

説明: 複数のウイルスファミリーのデータと分析ツールを提供する統合リポジトリです。配列レコード、遺伝子およびタンパク質のアノテーション、3Dタンパク質構造、免疫エピトープの位置、臨床や調... 詳細へ

The UCSC Archaeal Genome Browser

運用機関: Department of Biomolecular Engineering, University of California Santa Cruz, Center for Biomolecular Science and Engineering, School of Engineering, University of California Santa Cruz, University of California

生物種: Archaea | Plasmodium falciparum

説明: 古細菌ドメインに属する 100 以上の微生物種の生物学的情報を提供するツールです。基本的な遺伝子アノテーションは、NCBI Genbank / RefSeq のエントリーから抽出されたものです。アノテーシ... 詳細へ

休止
(14日以上)

TTD, Therapeutic Target Database

運用機関: National University of Singapore

生物種: All

説明: 治療用タンパク質および核酸ターゲット、ターゲットとなる疾患、パスウェイ情報およびこれらのターゲット各々に向けられた薬剤に関する情報を提供します。ターゲットとする機能、配列、3D構... 詳細へ

Termini-Oriented Protein Function INferred Database: TopFIND

運用機関:

生物種: Arabidopsis thaliana | Escherichia coli | Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomyces cerevisiae

説明: タンパク質末端のアノテーションを収録したデータベースです。生物種、染色体上の位置、タンパク質配列、アイソフォームなどの情報を収録しています。タンパク質末端のエビデンスは、以下の... 詳細へ

休止
(14日以上)

ProPortal

運用機関:

説明: 海洋性ラン藻プロクロロコッカスのゲノム、メタゲノム、転写に関する情報ならびにフィールドデータを収録したデータベースです。様々なスケールでの生物学的組織化（ゲノムから生態系まで）... 詳細へ

Prokaryotic Operon DataBase: ProOpDB

運用機関:

生物種: Archaea | Bacteria

説明: 原核生物ゲノムのオペロン予測リポジトリです。独自の新しい高精度オペロンアルゴリズムを用いることで、1,200 以上の原核生物のゲノムのオペロン構造を予測しています。各オペロンごとに... 詳細へ

PCR Primer Database for Gene Expression Detection and Quantification: PrimerBank

運用機関: Center for Computational and Integrative Biology

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 遺伝子発現の検出または定量化（リアルタイム PCR）用に設計されたPCR プライマーのための公共リソースです。最もよく知られているヒトおよびマウスの遺伝子をカバーする 30 万以上のプライ... 詳細へ

PASS2

運用機関: Department of Biochemistry, University of Cambridge, National Center for Biological Sciences (NCBS), Department of Crystallography, Birkbeck College, University of London

生物種: All

説明: タンパク質スーパーファミリーの構造的モチーフのアラインメントを収録するデータベースです。元のスーパーファミリーアラインメントデータベース CAMPASS (CAMbridge database of Protein A... 詳細へ

neXtProt

運用機関: Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin Group (CALIPHO), Swiss Institute of Bioinformatics, SIB Swiss Institute of Bioinformatics

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトタンパク質関連のデータをシームレスに統合するプラットフォームです。PTM、タンパク質-タンパク質相互作用、細胞内分布などの情報に加えて、siRNA実験データ、3D実験データ、パスウェイ... 詳細へ

休止
(14日以上)

Human Integrated Pathway Database: hiPathDB

運用機関: Korean Bioinformation Center (KOBIC), Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)

生物種: Homo sapiens

説明: 異なる 2 タイプの統合データを提示するデータベースです。経路レベルでの統合データは、元のデータベースで説明された個々の経路を単純に集めたものです。また、エンティティレベルの統合デ... 詳細へ

Ebola and Hemorrhagic Fever Virus Database: HFV Database

運用機関: Theoretical Biology and Biophysics, T-10, Los Alamos National Laboratory

生物種: Nairovirus | Viruses | Zika virus

説明: エボラ出血熱およびその他の出血熱を引き起こすウィルスのデータベースです。ウィルス種、地域による発生頻度、アミノ酸および塩基の配列を収録しています。種名、配列、サンプル情報や、地... 詳細へ

休止
(14日以上)

BRCA Share

運用機関: Universal Mutations Database (UMD)

生物種: Homo sapiens

説明: Universal Mutation Database (UMD)のBRCA1 および BRCA2 遺伝子データへのアクセスを世界中の科学者および民間試験機関に提供するサイトです。遺伝子、タンパク質、変異、医療機関の情報を... 詳細へ

VIRsiRNAdb

運用機関: Bioinformatics Centre, Institute of Microbial Technology, Council of Scientific and Industrial Research (CSIR)

説明: ウイルスゲノム領域を標的とするウイルスの siRNA / shRNA に関する情報を収録しています。インフルエンザ、SARSおよび肝炎ウイルスを含む重要なヒトウイルスについて、siRNA 配列、ウイルス... 詳細へ

TarBase

運用機関: Institute for Biomedical Informatics (IBI), University of Pennsylvania, Diana Lab Group, Biomedical Sciences Research Center Alexander Fleming (BSRC)

説明: 実験的に検証された miRNA-遺伝子の相互作用のデータベースです。高品質の手動でキュレートされた実験的に検証済みのmiRNA-遺伝子相互作用について、遺伝子の位置や詳細な説明、miRNAの塩基... 詳細へ

休止
(14日以上)

SitEx database of eukaryotic protein functional sites: SitEx

運用機関: The Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics Lab, Novosibirsk State University

説明: 真核生物のタンパク質機能部位に関する情報を含むデータベースです。機能部位におけるアミノ酸配列と位置を、コーディング遺伝子のエクソン構造との関連とともに収録しています。PDB ID、生... 詳細へ

Nematode.net

運用機関: McDonnell Genome Institute at Washington University School of Medicine, Genome Technology Access Center, Department of Genetics, Washington University School of Medicine

説明: ワシントン大学セントルイス校･ゲノム研究所が実施する寄生性線虫 EST プロジェクトのホームページです。ヒト、家畜、その他の生物の健康に直接的間接的な影響をもたらす寄生性線虫について... 詳細へ

MitoZoa

運用機関:

生物種: Metazoa | Placozoa

説明: 平板動物門を除く後生動物について、完全なおよびほぼ完全な（7 kbより長い）mtDNA エントリーを集めた専門的なデータベースです。ミトコンドリア遺伝子の配列順序、非コーディング領域、遺... 詳細へ

休止
(14日以上)

MethylomeDB

運用機関: Columbia University

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: ヒトおよびマウスの脳における DNA メチル化プロファイルについての詳細な情報を提供するリソースです。ヒトおよびマウスの脳におけるゲノムワイドの DNA メチル化プロファイルが収録されて... 詳細へ

休止
(14日以上)

Integrated Pathway Analysis and Visualization System: IPAVS

運用機関: Systems Biology Laboratory of Gwangju Institute of Science and Technology, Department of Life Sciences

生物種: Homo sapiens

説明: 手作業でキュレーションされ、かつ高度に構造化された、ヒトのパスウェイデータのコレクションです。あわせて、いくつかの公共データベースから得られた生物学的パスウェイについての情報を... 詳細へ

休止
(2日目)

GWASdb

運用機関: University of Hong Kong

生物種: Homo sapiens

説明: 現在の GWAS から得られる形質/疾患関連 SNP（TAS）と、その包括的な機能性アノテーション、ならびに疾患分類のコレクションにより構成されるデータベースです。ゲノムワイドの有意性（P値詳細へ

休止
(14日以上)

CUBE-DB

運用機関: Evolution of Protein Structure and Function Group, Biomolecular Modelling and Design Division, Bioinformatics Institute

生物種: Vertebrata

説明: ヒトのタンパク質ファミリーにおける機能的分岐を検出するためのデータベースです。ヒトタンパク質のマルチメンバーファミリーに属するパラログタンパク質中の残基について、事前評価した保... 詳細へ

Compilation and Creation of datasets from PDB: ccPDB

運用機関: Institute for Microbial Technology

生物種: All

説明: タンパク質の構造的または機能的アノテーションに広く使用されるデータセットのコレクションです。蛋白質構造データバンク (PDB：Protein Data Bank) から全てのデータセットを取得していま... 詳細へ

BacMap

運用機関: Wishart Lab, University of Alberta

生物種: Archaea | Bacteria

説明: アノテーションが付された細菌ゲノムの写真アトラスです。ズーム可能な、検索可能な細菌ゲノムマップであり、生物種、ゲノムのタイプ、レプリコン数、遺伝子/タンパク質マップ、tRNA/rRNAマ... 詳細へ

zfishbook

運用機関: Mayo Clinic

生物種: Danio rerio

説明: ゼブラフィッシュのトランスポゾン標識変異体のリアルタイムデータベースです。発現タグが付いた復帰可能な突然変異を作成する遺伝子破壊トランスポゾン（GBT）を導入したセルラインを登録し... 詳細へ

Search Tool for Interactions of Chemicals: STITCH

運用機関: The Biotechnology Center (BIOTEC), Technische Universitat Dresden, European Molecular Biology Organisation (EMBO), University of Copenhagen

生物種: All

説明: 化学物質とタンパク質間の既存および予測される相互作用を探索することができるリソースです。実験、データベースおよび文献から得られたエビデンスに基づいて、化学物質を他の化学物質およ... 詳細へ

休止
(14日以上)

Statistical Torsional Angles Potentials of NMR Refinement Database: STAP

運用機関: Korean Bioinformation Center (KOBIC), Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)

生物種: All

説明: PDB に寄託された NMR 構造の精査したバージョンを収録するデータベースです。３次元構造の表示とαヘリックス、βストランド、コイル構造の構成、構造的な多様性の情報を収録しています。精査... 詳細へ

SNPeffect

運用機関: Switch Laboratory

生物種: Homo sapiens

説明: ヒト一塩基多型（SNP）の表現型決定のためのデータベースです。ヒトプロテオームにおける疾患および多型変異体の分子特性決定およびアノテーションに主な焦点を当て、凝集しやすい領域、アミ... 詳細へ

SCRIPDB: A Portal for Easy Access to Syntheses, Chemicals, and Reactions In Patents: SCRIPDB

運用機関: Jurisica Lab, Ontario Cancer Institute

生物種: All

説明: 特許メタデータにアクセスできるように設計された化学構造データベースです。米国特許に含まれるパブリックドメインの化学情報にインデックスを付け、特許文書フルテキストの他、個々の特許... 詳細へ

ModelDB

運用機関: Yale University, Yale University School of Medicine

生物種: All

説明: 計算神経科学モデルを保存し、効果的に検索することができるアクセス先を提供するデータベースです。NeuronDB と強固に連携しています。各モデルについては、モデルの種類、細胞のタイプ、ギ... 詳細へ

RNA Characterization of Secondary Structure Motifs: RNA CoSSMos

運用機関:

生物種: All

説明: 全てのカタログ化された３次元核酸 PDB 構造（不一致、対称性内部ループ、ヘアピンループ、バルジループなどの二次構造モチーフを含む）を系統的に検索することができるデータベースです。PD... 詳細へ

一括ダウンロード可

Rhea

運用機関: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

生物種: All

説明: 酵素の機能に関するアノテーションと代謝ネットワークの説明を提供するために設計されたリソースです。生化学反応に関する包括的で非冗長なこのリソースは、専門家がキュレーションを行って... 詳細へ

休止
(14日以上)

ProtoNet

運用機関: School of Computer Science and Engineering, The Hebrew University of Jerusalem

生物種: All

説明: UniProt のタンパク質配列を系統樹にまとめたリソースです。UniRef50 クラスターを用いたタンパク質のサブファミリーおよびスーパーファミリーの研究が可能です。各レコードにはタンパク質名... 詳細へ

Protein-Chemical Structural Interactions: ProtChemSI

運用機関: Cell Networks, University of Heidelberg

生物種: All

説明: 分子量が低いタンパク質の相互作用の3次元化学構造に関する情報を提供します。タンパク質 - タンパク質、タンパク質 - ペプチド、タンパク質 - 化学物質の相互作用について、スーパーインポ... 詳細へ

Polbase

運用機関: New England Biolabs

生物種: All

説明: 公開･未公開のソースに含まれる DNA ポリメラーゼの生化学的、遺伝学的、構造的情報を検索できるオープンデータベースです。活性、３次元構造、塩基とアミノ酸の配列、変異の位置などを収録... 詳細へ

休止
(14日以上)

Pocketome: an encyclopedia of small-molecule binding sites in 4D: Pocketome

運用機関: The Abagyan Lab UC San Diego, University of California San Diego

生物種: All

説明: 低分子化合物により機能調節ができる可能性が高い結合部位（druggable binding site）の立体構造的な組み合わせに関する百科事典です。立体構造は、Protein Data Bank に収載された共結晶構... 詳細へ

運用終了

PLEXdb

運用機関: Agriculture Research Service (USDA-ARS), Iowa State University

生物種: Fungi | Nematoda | Oomycetes | Sinorhizobium meliloti | Viridiplantae

説明: 植物と植物の病原体の遺伝子発現に関する統一的リソースです。MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) /Plantに準拠する公開レポジトリであり、Affymetrix plant microa... 詳細へ

Plant Natural Antisense Transcripts Database: PlantNATsDB

運用機関: Ming Chen's Lab, Zhejiang University

生物種: Viridiplantae

説明: 植物ゲノムに広く発生し、生理学的、病理学的プロセスにおいて調節 RNA として機能する天然のアンチセンス転写物 (NAT：Natural Antisense Transcript) のデータベースです。さまざまなソー... 詳細へ

休止
(14日以上)

Plantmetabolomics.org

運用機関: Bioinformatics and Computational Biology Program, Roy J. Carver Department of Biochemistry, Biophysics and Molecular Biology (BBMB), Iowa State University

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: 遺伝子や代謝物の機能を研究するためのリソースを研究者に提供する、シロイヌナズナのメタボロミクスデータベースです。詳細へ

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