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NIAS Oryza SNP Database
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
NIAS栽培イネコアコレクションと在来品種の多型情報データベースです。
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運用終了
Genome Methylation Database
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
|
Arabidopsis thaliana
説明:
RLGS法によるイネ・シロイヌナズナゲノムのメチル化状況をまとめたデータベースです。
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一括ダウンロード可
The Rice Growth Monitoring System (アーカイブ)
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できる システムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベースです。国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機...
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運用終了
RGRC: Rice Genome Resource Center (イネゲノムリソースセンター)
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネゲノムリソースセンターのホームページです。イネ完全長cDNAクローン配布に関する情報と、イネ突然変異系統であるTos17突然変異系統のデータヘのリンク、研究材料の申し込み方法を記載し...
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IMPC: International Mouse Phenotyping Consortium
運用機関:
International Mouse Phenotype Consortium
生物種:
Mus musculus
説明:
国際マウス表現型解析コンソーシアム(IMPC)によるノックアウトマウスの網羅的表現型データを収集したデータベースです。国際マウスコンソーシアム (IKMC) により整備されたC57BL/6マウス...
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休止
(14日以上)
一括ダウンロード可
ChromatinDB
運用機関:
Washington State University
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
酵母のヒストン修飾やその他の染色体の特徴パターンをマッピングしたゲノムワイドChIPマイクロアレイデータを収集しています。遺伝子名とプロモーター領域あるいはORFを選択すると、その領域...
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The Multi-Dimensional Human Embryo
運用機関:
University of Michigan
生物種:
Homo sapiens
説明:
核磁気共鳴画像法(MRI)で撮影されたヒト胚の立体画像のデータベースです(アメリカ国立小児保健発育研究所(NICHD)資金提供)。ヒト胚画像コレクションはヒト発生研究に興味を持つ学生や研究...
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GtRNAdb: Genomic tRNA Database
運用機関:
University of California
生物種:
Eukaryota
|
Archaea
|
Bacteria
説明:
ゲノム全塩基配列が決定された生物種について、tRNAscan-SEプログラム(Lowe & Eddy, 1997)によって予測されたtRNA遺伝子を収集しています。全てのアノテーションは自動的に付与されています。
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休止
(14日以上)
ITER: International Toxicity Estimates for Risk
運用機関:
Toxicology Excellence for Risk Assessment
生物種:
説明:
世界の信頼ある研究グループから寄せられた600以上の化学物質の人体に及ぼすリスク情報を収載しています。
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休止
(14日以上)
GENE-TOX: Genetic Toxicology Data Bank
運用機関:
National Library of Medicine
生物種:
説明:
3,000以上の化学物質の遺伝毒性テストデータを収載しています。各物質について、実施された試験方法、ホスト、試験結果、文献情報等を確認できます。2019年よりGENE-TOXの内容はアップデート...
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休止
(14日以上)
DART: Developmental and Reproductive Toxicology Database
運用機関:
National Library of Medicine
生物種:
説明:
生殖毒性試験に関する文献データを収載したデータベースです。2019年よりDARTの内容はPubMed の “DART subset" として移行しました。PubMedでの利用方法は以下に掲載されています。https://w...
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休止
(14日以上)
TOXLINE: Toxicology Literature Online
運用機関:
National Library of Medicine
生物種:
説明:
毒性に関する文献データを収載したデータベースです。2019年よりTOXLINEの内容はPubMed の“Toxicology subset” として移行しました。PubMedでの利用方法やアップデートされない内容のダウン...
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休止
(14日以上)
CCRIS: Chemical Carcinogenesis Research Information System
運用機関:
National Library of Medicine
生物種:
説明:
8,000以上の化学物質の発がん性や変異原性、腫瘍プロモーション、助発ガン性などについての試験結果とその条件が集められています。一般的に受け入れられているプロトコルに従った研究からの...
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IRIS: Integrated Risk Information System
運用機関:
U.S. Environmental Protection Agency
生物種:
説明:
500以上の化学物質のリスクアセスメントに役立つ情報が提供されています。データレコードは発ガン性のアセスメント (暴露度に関するリスクの推測) とレファレンスコード (有害物質への暴露、...
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休止
(14日以上)
HSDB: Hazardous Substances Data Bank
運用機関:
National Library of Medicine
生物種:
説明:
5,000以上の潜在的危険有害化学物質の毒性に焦点を当てた毒性データファイルです。ヒト曝露値、産業衛生、緊急時の取扱手順、環境運命、法的要求事項やその他の関連事項情報などが収載されて...
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運用終了
TOXNET: Toxicology Data Network
運用機関:
National Library of Medicine
生物種:
説明:
毒性、有害危険化学物質、環境衛生、毒性排出に関するデータベース群を集めた毒性情報総合サイトです。化合物名、病名、環境衛生に関するキーワードを入力すると、TOXNET上の全データベース...
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LactMed: Drugs and Lactation Database
運用機関:
National Library of Medicine
生物種:
説明:
母乳育児中の母親が曝露するかも知れない薬や化学物質のデータベースで、母乳や乳幼児血液中のレベルと可能性のある副作用のほかに、代用可能な治療薬に関する情報を提供しています。すべて...
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休止
(14日以上)
BBID: Biological Biochemical Image Database
運用機関:
National Institute on Aging
生物種:
説明:
生物学的パスウエイ、高分子構造、遺伝子ファミリー、細胞間相互作用に関する画像を収集したデータベースです。遺伝子名、パスウエイ名、細胞や組織、病名、生物学的機能名をキーワードとし...
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運用終了
一括ダウンロード可
GAD: Genetic Association Database
運用機関:
National Institutes of Health
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒト疾患の遺伝的関連研究データを管理するデータベースです。候補遺伝子解析やゲノムワイド関連解析(GWAS)に関する査読文献から抽出した要約データも含まれます。各エントリーは遺伝子名、...
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Health Information
運用機関:
National Institutes of Health
生物種:
説明:
NIHヘルスインフォメーションは、読者に健康に関するより良い知識と理解を助け、病気を防ぐ手段とし、家族や身近な人が罹る病気の理解を深めることを目的としています。これらの記事は専門家...
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IEDB: Immune Epitope Database
運用機関:
National Institute of Allergy and Infectious Diseases
生物種:
Homo sapiens
|
Mus musculus
|
Rattus norvegicus
|
Sus scrofa
|
Canis lupus familiaris
| ...
説明:
IEDBでは、実験で明らかにされたT細胞およびB細胞エピトープ(抗原決定基)のカタログや、主要組織適合性複合体(MHC)結合アッセイ、MHCリガンド溶出アッセイのデータ等を提供しています。エ...
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一括ダウンロード可
HIV-1, Human Protein Interaction Database
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens
|
Human immunodeficiency virus 1
説明:
HIV-1タンパクと宿主細胞タンパクとの相互作用の知見を収集することは、HIV-1の複製や発症のプロセスを理解するのに重要であり、また安全かつ効率的なAIDSの治療法や予防戦略の開発に必須と...
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Cancer Types Studied in DCEG
運用機関:
National Cancer Institute
生物種:
Homo sapiens
説明:
NIHのDivision of Cancer Epidemiology and Genetics (DCEG) で行われている、がんの遺伝的、環境的決定因子とがん予防に関する研究のサイトです。前立腺がん、乳がん、膵がん、肺がんなど多...
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一括ダウンロード可
GDC Data Portal: Genomic Data Commons Data Portal
運用機関:
National Cancer Institute
生物種:
Homo sapiens
説明:
がんに関連するゲノム研究のデータセットを検索、ダウンロード、アップデート、分析するためのポータルサイトです。TCGA (The Cancer Genome Atlas: https://cancergenome.nih.gov) および...
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運用終了
一括ダウンロード可
Pathway Interaction Database
運用機関:
National Cancer Institute
生物種:
Homo sapiens
説明:
National Cancer Institute (NCI)とNature Publishing Group (NPG)の共同プロジェクト。NCIとNPGでキュレートした信頼性の高い113ヒトパスウエイ(7496相互作用)と、BioCarta/Reactomeから...
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休止
(14日以上)
Cancer Genes
運用機関:
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
生物種:
Homo sapiens
説明:
がんゲノム大型共同プロジェクトにおける遺伝子選択および優先付けプロセスを簡素化するためのリソースです。各遺伝子は専門家によってアノテーション付けされています - 遺伝子名、機能説明...
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運用終了
GenProtEC (E. Coli genome and proteome database)
運用機関:
Marine Biological Laboratory
生物種:
Escherichia coli K-12
説明:
Escherichia coli K-12 (strain MG1655) ゲノムにコードされた機能に対するアノテーションを蓄積しています。1)オーソログの配列相同性、機能ごとに分子ユニットを形成する融合タンパクの解...
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一括ダウンロード可
ITIS
運用機関:
Integrated Taxonomic Information System
生物種:
Vertebrata
|
Viridiplantae
|
Fungi
|
Eukaryota
|
Bacteria
| ...
説明:
生物名と種の階層分類を収録しているデータベースです。ホワイトハウスの生物多様性および生態力学に関する分科委員会では、系統分類学が生物多様性保全と生態系管理の基礎となる優先研究課...
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Geneimprint
運用機関:
Duke University
生物種:
Homo sapiens
|
Mus musculus
|
Rattus norvegicus
|
Sus scrofa
|
Canis lupus familiaris
| ...
説明:
ゲノムインプリンティングの関連記事、レビュー、プレス報道、講演のビデオおよび音声、学会、遺伝情報を収集したポータルサイトです。「genes」タブには、7種類の生物種のインプリンティン...
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一括ダウンロード可
PMN: Plant Metabolic Network
運用機関:
Carnegie Institution for Science/Department of Plant Biology
生物種:
Embryophyta
説明:
PMNは生化学者とデータベースのコラボレーションプロジェクトであり、植物の代謝パスウエイデータベースを構築することを目標としています。PMNで現在公開しているデータベースは、「PlantCy...
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運用終了
BioCarta: Charting Pathways of Life
運用機関:
BioCarta LLC
生物種:
説明:
細胞内のパスウエイ模式図を検索できる企業サイトです。図中の分子をクリックすると、OMIMやPubMedなど外部リンクにて分子の詳細を確認することができます。 図が綺麗です。BioCarta LLCによ...
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休止
(14日以上)
Plant DNA C-value Database
運用機関:
Royal Botanic Gardens, Kew
生物種:
Embryophyta
説明:
一生物種の非複製配偶子の核DNA量はC-valueとして表されます。植物DNA C-value データベースは現在5150種の植物のC-valueデータを収容しています。被子植物DNA C-valueデータベース、裸子植...
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運用終了
一括ダウンロード可
IPI: International Protein Index
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
Homo sapiens
|
Mus musculus
|
Rattus norvegicus
|
Danio rerio
|
Arabidopsis thaliana
| ...
説明:
7つのデータリソース(UniProtKB/Swiiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL., RefSeq, Ensembl, TAIR, H-InvDB, Vega)のタンパク配列をもとに、非冗長タンパク配列データセットを収録しています。2001...
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Animal Genome Size Database
運用機関:
University of Guelph
生物種:
Metazoa
説明:
動物のゲノムサイズデータの総合的なカタログです。ゲノムサイズとは、ハプロイド核DNA含量、すなわち、1生物種の染色体の1コピーのDNA量を指します。ハプロイドDNA含量は「C-value」とも呼...
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一括ダウンロード可
HMDB: Human Metabolome Database
運用機関:
University of Alberta
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒト体内における低分子代謝物の詳細情報を収集したデータベースです。メタボロミクスや臨床化学、バイオマーカー探索、教育分野で活用されることを目的に構築しており、化学データ、臨床デ...
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一括ダウンロード可
SMPDB: Small Molecule Pathway Database
運用機関:
University of Alberta
生物種:
Homo sapiens
説明:
SMPDB(Small Molecule Pathway Database)は、350以上のヒトの小分子パスウエイを含む視覚的なデータベースです。これらのうち2/3以上のパスウエイ(>280)は他のパスウエイデータベースでは見...
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一括ダウンロード可
MetaCyc
運用機関:
SRI International
生物種:
All
説明:
MetaCycは実験的に検証された代謝パスウエイのデータベースで、1900種以上の生物由来の1500以上のパスウエイが収録されています。
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運用終了
GlycoSuite
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
説明:
GlycoSuiteDBは、アノテーション付けされた糖鎖構造の関係型データベースで、Tyrian Diagnostics Ltd の製品です。1990-2005年に文献で発表されたO-glycan, N-glycanの構造が収録されていま...
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一括ダウンロード可
Human Protein Atlas
運用機関:
Uppsala University
生物種:
Homo sapiens
説明:
様々な種類のヒトの器官、組織、細胞におけるタンパク質の発現および局在に関するデータベースです。蛍光抗体イメージング、質量分析に基づくプロテオミクス、網羅的な遺伝子発現解析による...
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一括ダウンロード可
JASPAR
運用機関:
University of Copenhagen
生物種:
Eukaryota
説明:
JASPAR COREデータベースは、実験で明らかにされ文献で報告された真核生物の転写結合サイトのデータをキュレートし、冗長を省いた転写結合プロファイルを収容しています。TRANSFAC等の同様の...
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休止
(14日以上)
tRNAdb: Transfer RNA Database
運用機関:
University of Leipzig
生物種:
Archaea
|
Bacteria
|
Eukaryota
|
Viruses
説明:
577生物種の12,000以上のtRNA遺伝子と、104生物種の623以上のtRNA配列と構造が格納されています。これらはアンチコドン・トリプレットによって決定されるアミノ酸特異性によってファミリーに...
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休止
(14日以上)
AffinDB: Affynity Database For Protein-Ligand Complexes
運用機関:
Department of Pharmaceutical Chemistry, Philipps-University Marburg
生物種:
説明:
PDBに登録されているタンパク-リガンド複合体のアフィニティデータを収集したデータベースです。リガンドの構造やアフィニティ強度、文献等の情報を調べることができます。現在748のアフィニ...
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休止
(14日以上)
GLYCOSCIENCES.de
運用機関:
Justus-Liebig University Giessen
生物種:
説明:
糖鎖生物学やグライコミクスのためのデータベースや各種ツールを提供しているサイトです。GLYCOSCIENCES.deプロジェクトは German Cancer Research Center (DKFZ)の分子モデリンググループに...
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運用終了
一括ダウンロード可
GlycomeDB: The carbohydrate structures metadatabase
運用機関:
German Cancer Research Center
生物種:
説明:
糖鎖配列の構造情報を蓄積するためのXMLベースの配列記述フォーマット(GlycoCT)を定義し、公共データベース(CFG, KEGG, KEGG, GLYCOSCIENCES.de, BCSDB and Carbbank)の全糖鎖配列をGlycoCT...
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副作用情報データベース
運用機関:
農林水産省 動物医薬品検査所
生物種:
説明:
過去に報告された動物用医薬品副作用情報を収集したデータベースです。最新報告、報告年月日、品名、主成分名、生物学的製剤名で検索できます。
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動物用医薬品データベース
運用機関:
農林水産省 動物医薬品検査所
生物種:
説明:
動物用医薬品の詳細情報を収集したデータベースです。商品名、販売社名、主成分、対象動物、薬効分類から検索できます。
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運用終了
MgNEST-DB: Magnaporthe grisea EST Database
運用機関:
国立研究開発法人農業生物資源研究所
生物種:
Magnaporthe grisea
説明:
イネいもち病菌のESTを35,189配列解読し、その配列を用いて4,155の遺伝子情報を詳細に決定しました。解読したEST配列、決定した遺伝子座及び関連解析の結果をデータベースに収録し、公開して...
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農業生物資源ジーンバンク:遺伝資源データベース
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
All
説明:
農業生物資源ジーンバンクでは、遺伝資源に関する情報をデータベース化し、オンラインで公開しています。遺伝資源の配布を希望される方にもご利用いただくことができます。植物遺伝資源、動...
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休止
(14日以上)
農業生物資源ジーンバンク:動物画像データベース
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Gallus gallus
|
Bombyx mori
説明:
国内に多くの品種・系統が存在するニワトリとカイコについて、その特徴を画像とともに紹介しています。
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休止
(14日以上)
農業生物資源ジーンバンク:植物画像データベース
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Embryophyta
説明:
稲類、麦類、豆類、野菜、花き・緑化植物、特用・飼料作物について、分類、分布、形態的特徴、遺伝資源としての評価などの情報を、種子、葉、花、生息地などの画像とともに紹介しています。
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版)