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データベースのレコード一覧 (件数: )

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JBBN: 日本ブレインバンクネット：Japan Brain Bank Net

運用機関: 日本ブレインバンクネット

生物種: Homo sapiens

説明: 脳組織等のヒト試料リソースの整備と普及を行う日本ブレインバンクネットのデータベースです。ヒト死後脳の凍結組織について、年齢，性、精神疾患コード、神経病理コード、死後時間、脳重な... 詳細へ

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運用機関: 一般社団法人日本消化器内視鏡学会

生物種: Homo sapiens

説明: 日本全国の内視鏡関連手技・治療情報を登録し、集計・分析する JED-Project のサイトです。患者の基本情報、検査時の状況、内視鏡による診断所見、処置、病理結果を収集しています。登録され... 詳細へ

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(14日以上)

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所　創薬分子プロファイリング研究センター

生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus

説明: 低分子化合物を曝露した際の遺伝子発現データを用いて、ユーザーが入力した遺伝子群の発現パターンに類似の発現プロファイルを持つ化合物一覧の類似度を表示するアプリケーションです。詳細へ

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(14日以上)

運用機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所　創薬分子プロファイリング研究センター

生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus

説明: 低分子化合物を曝露した際の遺伝子発現データを数理解析した結果を格納したデータベースです。OpenTG-GATEsに登録された約170化合物によるin vivo (ラット肝臓)や in vitro (ヒト・ラット肝... 詳細へ

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TOXPILOT: Toxic process interpretable knowledge system

運用機関: 国立研究開発法人　医薬基盤・健康・栄養研究所

生物種:

説明: 毒性の作用機序とプロセスに関する用語を体系化したオントロジーのデータベースです。作用機序マップ（毒性発現の過程）、プロセスマップ（機能分解手法に基づくプロセスの分解）、オントロ... 詳細へ

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運用機関: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 熊本大学

生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus

説明: 医薬品および化学物質によって引き起こされる肝毒性に関するデータベースです。既存のデータベース（Open TG-GATEs，DrugMatrix，LINKS、Liver Toxicity Knowledge Base）に登録されているin... 詳細へ

運用機関: 国立研究開発法人　医薬基盤・健康・栄養研究所

生物種: rattus | Homo sapiens

説明: 肝毒性に関わる情報のデータベースおよび肝毒性を予測するツールのポータルサイトです。国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所、国立研究開発法人産業技術総合研究所、明治薬科大学... 詳細へ

JROAD 循環器疾患診療実態調査

運用機関: 一般社団法人日本循環器学会

生物種: Homo sapiens

説明: 循環器疾患について診療実態を調査するためのデータ登録・入力サイトです。循環器科・心臓外科を標榜する施設から施設情報（病床数、心疾患系患者数、死亡数、剖検数、専門医数など）、検査... 詳細へ

慢性の痛み情報センター

運用機関: 厚生労働省, NPO痛み医学研究情報センター

生物種: Homo sapiens

説明: 厚生労働省慢性の痛み診療・教育の基盤となるシステム構築に関する研究班とNPO痛み医学研究情報センターが慢性痛対策事業の中で運営する、慢性の痛みについてのデータベースです。代表的な慢... 詳細へ

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piRTarBase: piRNA targeting sites

運用機関: 国立成功大学

生物種: Caenorhabditis elegans | Caenorhabditis briggsae

説明: トランスポゾンをサイレンシングすることにより変異から動物ゲノムを保護する、小型非コードRNA（piRNA）のデータベースです。 C. elegansとC. briggsaeについて実験上または予測上piRNAター... 詳細へ

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PED: Plant Editosome Database

運用機関: National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences

生物種: Viridiplantae

説明: 植物のRNA編集因子（editosome）のデータベースです。文献やオルガネラゲノムアノテーションから手動で収集した情報に基づいて、RNA編集因子、ターゲットとなるオルガネラ遺伝子の編集機構、... 詳細へ

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Pancan-meQTL: Pan-cancer methylation quantitative trait loci

運用機関: 華中科技大学, University of Texas Health Science Center at Houston

生物種: Homo sapiens

説明: ゲノム全体の遺伝子型と統合したDNAメチル化の量的形質遺伝子座 (meQTL) を提供するデータベースです。ゲノムのメチル化レベルに対するSNPの影響を体系的に予測する目的で作成されました。Ca... 詳細へ

統合がんゲノムデータポータル

運用機関: 公益財団法人がん研究会がん研究所

生物種: Homo sapiens

説明: がんゲノム研究で集積されたゲノム、トランスクリプトーム、miRNAなどの研究プロジェクトに関する情報を整理したデータベースです。研究プロジェクトの概要、検体の解析方法、患者から提供さ... 詳細へ

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運用機関: Université de Sherbrooke

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus |
Pan troglodytes | Danio rerio | ...

説明: Open reading frames (ORFs)のデータベースです。真核生物10種の30コドン以上のORFについて、既知のタンパク質（RefProt）、新規予測アイソフォーム（Isoform）、代替ORFによる新規予測タン... 詳細へ

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運用機関: Peking University Cancer Hospital and Institute, Chinese Academy of Sciences, University of Michigan

生物種: Homo sapiens

説明: がんに関わる体細胞変異の統合データベースです。TCGA、ICGC、COSMIC、ClinVarから収集した体細胞変異について、アノテーションを行なっています。局所的なクロマチンシグネチャー、異なる細... 詳細へ

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運用機関: BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences

生物種: Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Candida albicans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | ...

説明: 生物種を超えたゲノムワイドなヌクレオソーム配置マップのデータベースです。ヌクレオソームの位置情報を１ヌクレオチドの解像度で照会および視覚化します。生物を選んでゲノムをブラウジン... 詳細へ

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運用機関: Cancer Science Institute of Singapore

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: DNAメチル化プロファイルと統合した転写因子結合サイトのデータベースです。転写因子結合部位（TFBS: transcription factor binding sites）について、ChIP-seqとWhole Genome Bisulfite Seq... 詳細へ

運用機関: SBCB Unit, Department of Biochemistry, University of Oxford

生物種: All

説明: PDBに収録された膜タンパク質について、脂質二重膜に挿入した際のモデルをシミレーションし、分析した結果をまとめたデータベースです。脂質二重膜に組み込まれた膜タンパク質の3D視覚化、膜... 詳細へ

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運用機関: Computational Epigenomics Lab, Evolutionary Genomics and Bioinformatics Group, Dept. of Genetics, Inst. of Biotechnology, University of Granada

生物種: Homo sapiens

説明: 生体液中のsmall RNA配列解析のデータベースです。データはSRAから取得しており、SRA study levelで閲覧、またはユーザ自身でカスタマイズしたサンプルセットを解析し、自身のデータと比較す... 詳細へ

運用機関: Icahn School of Medicine at Mount Sinai

生物種: All

説明: リン酸化酵素の立体構造と構造特異性を示す阻害剤のサブセットのためのデータベースです。リン酸化酵素の構造と基本情報（PDB ID、３次元構造、タンパク質名、Uniprot ID、遺伝子名、種名、... 詳細へ

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運用機関: National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences

生物種: Canidae

説明: 飼い犬（Canis lupus familiaris）および野生のイヌ科動物の統合データベースです。遺伝子、ゲノム、SNP、品種/疾病特性、遺伝子発現、GO機能アノテーション、イヌとヒトとで共通する疾患、... 詳細へ

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運用機関: University of Bari

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトミトコンドリアDNAのバリアントと疾患に関するデータベースです。GenBankから、HmtVarの兄弟サイトであるHmtDB ( https://www.hmtdb.uniba.it ) にダウンロードされた、健常人と病気のヒ... 詳細へ

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HACER: Human ACtive Enhancer to interpret Regulatory variants

運用機関: Vanderbilt University Medical Center

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトの転写調節バリアントを解釈するためのエンハンサーのデータベースです。 GRO-seq、PRO-seq、CAGEデータからエンハンサーの情報を収集しています。細胞型特異的エンハンサー情報だけでな... 詳細へ

運用機関: 中国科学院

生物種: Bacteria | Archaea

説明: マイクロバイオーム研究の情報を収録するプラットフォームです。各研究について、研究概要、連絡先、サンプルの情報（採集環境、研究方法、データの種類など）を収録しています。研究方法や... 詳細へ

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FusionGDB2: Fusion Gene annotation DataBase

運用機関: University of Texas Health Science Center at Houston

生物種: Homo sapiens

説明: がんに関わる融合遺伝子のデータベースです。 Entrez mRNA sequence librariesとChiTars 5.0 、ChimerDB 4.0から得られたTCGAデータをもとに、融合遺伝子の概要、遺伝子オントロジー、ORF情... 詳細へ

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EWASdb: epigenome-wide association study database

運用機関: Harbin Medical University

生物種: Homo sapiens

説明: EWAS (epigenome-wide association study) 研究の包括的なデータベースです。シングルマーカーの情報（マーカーの形質や遺伝子名、染色体上の位置等から検索）、KEGG pathway、GOカテゴリー... 詳細へ

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EWAS Atlas: A knowledgebase of Epigenome-Wide Association Studies

運用機関: National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences

生物種: Homo sapiens

説明: エピゲノムワイド関連解析（EWAS）のデータベースです。DNAメチル化に焦点を当て、640以上の研究から報告されたデータを手動によるキュレーションで抽出しています。データは形質、プローブ... 詳細へ

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EVmiRNA: Extracellular vesicles miRNA database

運用機関: College of Life Science and Technology, HUST

生物種: Homo sapiens

説明: 細胞外小胞（EV; extracellular vesicle）に含まれるmiRNAの包括的なデータベースです。NCBI SRAからダウンロードした全てのエキソソームと微細小胞サンプルのデータを解析しています。miRNA... 詳細へ

ETCM: Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine

運用機関: The Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine

生物種: Embryophyta

説明: 中国伝統医学に用いられる薬と一般的に使用されるハーブの成分や予測標的遺伝子、疾患との関連に関するデータベースです。原材料の中国名、学名、種の説明、生息地、成分、効能、予測標的遺... 詳細へ

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ENPD: Eukaryotic Nucleic acid binding Protein Database

運用機関: School of Life Sciences, The Chinese University of Hong Kong

生物種: Eukaryota

説明: 核酸結合タンパク質（NBP）とその機能情報のデータベースです。さまざまな真核生物のDNA結合タンパク質（DBP）、RNA結合タンパク質（RBP）、DNAおよびRNA結合タンパク質（DRBP）について、手... 詳細へ

EndoDB: Endothelial cell database

運用機関: VIB-KU Leuven Center for Cancer Biology (CCB)

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Danio rerio | Rattus norvegicus | Bos taurus | ...

説明: 内皮細胞（endothelial cells; ECs）の遺伝子発現に関するデータベースです。Gene Expression OmnibusおよびArrayExpressから単一細胞RNA-seqデータセットを含む内皮トランスクリプトミクス... 詳細へ

LSDBアーカイブへ一括ダウンロード可

カイコ参照トランスクリプトームデータ

運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構　NBDC事業推進部

生物種: Bombyx mori

説明: カイコの組織別遺伝子発現データのデータベースです。カイコの新規リファレンスゲノム配列を用いてRNAseqで解析したカイコP50T系統の前部絹糸腺、後部絹糸腺、中部絹糸腺（前部・中部・後部... 詳細へ

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EncoMPASS: Encyclopedia of Membrane Proteins Analyzed by Structure and Symmetry

運用機関: National Institute of Neurological Disorders & Stroke

生物種: All

説明: 既知の膜タンパク質を、配列、構造、四次構造および内部対称性の観点から関連付けるデータベースです。すべての膜貫通PDBエントリ、およびそこに含まれるすべての膜貫通チェーン個々に対して... 詳細へ

EDK: Editome disease knowledgebase

運用機関: National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences

生物種: Homo sapiens | Viruses

説明: RNA編集と疾患の関連についてのデータベースです。mRNA、miRNA、lncRNA、ウイルスのRNA上でおこる実験的に検証された異常な編集イベントと疾患との関係や、RNA編集酵素に関連する異常な活動... 詳細へ

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(14日以上)

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運用機関: Arieh Warshel Institute of Computational Biology, The Chinese University of Hong Kong

生物種: Archaea | Bacteria | Fungi | Embryophyta | Homo sapiens | ...

説明: 抗菌ペプチド（Antimicrobial peptides: AMP）のデータベースです。AMPについて配列、取得生物種、ターゲットとなる種などの基本情報、抗菌活性、物理化学的特性、相互作用タンパク質、構造... 詳細へ

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DSMNC: Database of somatic mutations in normal cells

運用機関: Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 体細胞における一塩基多型(SNV）の包括的なカタログです。ヒトおよびマウスの正常組織の単一細胞で発生する体細胞のSNVの情報を、公開された研究成果または独自の研究成果から収集しています... 詳細へ

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運用機関: Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Sus scrofa | Oryctolagus cuniculus | ...

説明: CRISPR/Cas9システムにおける長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）用のガイドRNA（sgRNA）のデータベースです。lncRNAのID、ゲノム上の位置、配列や機能とともに、ペアとなるsgRNAの配列、prot... 詳細へ

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運用機関: University of Lausanne

生物種: Euteleostomi

説明: タンパク質コード遺伝子の分子内共進化のデータベースです。脊椎動物亜門のうち現存する真口類（bony vertebrates, Euteleostomi）の中の8,000以上のタンパク質ファミリーについて共進化の予... 詳細へ

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CMAUP: Collective Molecular Activities of Useful Plants

運用機関: National University of Singapore

生物種: Viridiplantae | Homo sapiens

説明: 食用・薬用等さまざまな有用植物の分子活性を集めたデータベースです。文献および公開データベースより情報を収集しています。キーワード、成分、植物の用途、標的タンパク質、KEGG Pathway... 詳細へ

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(11日目)

運用機関: University of Miami Miller School of Medicine

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Danio rerio | Schizosaccharomyces pombe | ...

説明: クロマチン免疫沈降法における定量的PCR（ChIP-qPCR）のための、検証済プライマーを格納するレポジトリです。査読付き論文から、有効な対照と比較して5倍以上の増幅が報告されているプライマ... 詳細へ

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Tree Shrew Database

運用機関: Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences

生物種: Tupaia belangeri

説明: 南アジアに広く分布するツパイのゲノムデータベースです。リファレンスゲノム（高品質ドラフトゲノム、染色体レベルのゲノムアッセンブリ）についてのアノテーション、組織ごとの遺伝子発現... 詳細へ

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Cell Model Passports

運用機関: Wellcome Sanger Institute

生物種: Homo sapiens

説明: がん細胞株およびオルガノイドモデルの情報を提供するデータベースです。患者、検体及び細胞モデル間の関係についての情報や、遺伝子変異・発現・CNV・メチル化・薬剤感受性等の、付随するゲ... 詳細へ

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運用機関: Harbin Medical University

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: ヒトおよびマウスの組織における様々な細胞タイプに対する網羅的で正確な細胞マーカーの情報を提供するデータベースです。細胞マーカー、組織タイプ、細胞タイプ、がんタイプおよびソースの... 詳細へ

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CancerSplicingQTL

運用機関: Huazhong University of Science and Technology

生物種: Homo sapiens

説明: 33のヒトがんタイプにおける、スプライシング量的形質座位（sQTL）の情報を提供するデータベースです。ユーザーは、sQTL、患者の全生存期間と関連のあるsQTL、および、GWASによる連鎖不平衡... 詳細へ

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CancerSEA: Cancer Single-cell State Atlas

運用機関: Harbin Medical University

生物種: Homo sapiens

説明: 25のがんタイプにおける、単一細胞レベルでの機能的な状態および遺伝子発現プロファイルを提供するデータベースです。シングルセルRNA-seqデータから情報を収集し、各細胞に14の機能的状態（... 詳細へ

CAGm: Comparative Analysis of Germline Microsatellites

運用機関: Edward Via College of Osteopathic Medicine

生物種: Homo sapiens

説明: マイクロサテライトの比較解析データベースです。1000ゲノムプロジェクト中の2529人からの生殖細胞系列のマイクロサテライト情報を含んでいます。民族や集団名から検索し、個々のサンプルの... 詳細へ

Bactome: bacterial genome database

運用機関: Helmholtz Centre for Infection Research

生物種: Pseudomonas aeruginosa

説明: 緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）の臨床分離株の情報を集めたデータベースです。各分離株の薬剤感受性や毒性などの表現型データに加え、遺伝子配列や発現情報が格納されています。Phenotype... 詳細へ

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AWESOME: A Website Exhibits SNP On Modification Event

運用機関: Tongji Medical College Huazhong University of Sciences and Technology

生物種: Homo sapiens

説明: 翻訳後修飾（PTM）に影響するSNPの情報を集めたデータベースです。実験データおよび複数の予測ツールによって得られた、SNPに影響されるPTMの強度を数値化して格納しています。遺伝子名、rsI... 詳細へ

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Ancestral Genomes: Ancestral Genomes Resource

運用機関: University of Southern California

生物種: cellular organisms

説明: 再構築された共通祖先生物の遺伝子およびゲノムのリソースです。階層的なツリー表示もしくは系統樹表示から祖先生物種を選択すると、存在が推測されるタンパク質コード遺伝子リストが表示さ... 詳細へ

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AmtDB: Ancient mtDNA database

運用機関: Institute of Molecular Genetics of the ASCR

生物種: Homo sapiens

説明: 古代ヒトミトコンドリアゲノムのデータベースです。古代検体より得られたミトコンドリアDNA（mtDNA）配列（FASTA形式）および手作業によりキュレーションされたメタデータが提供されており、... 詳細へ

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