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MSigDB: Molecular Signatures Database

運用機関: Broad Institute, Inc., UC San Diego

生物種: Homo sapiens

説明: 遺伝子発現のエンリッチメント解析をするための元になる遺伝子セットをまとめたコレクションです。2つの生物学的状態間で遺伝子セットに統計的に有意な差があるかどうかを判断するソフトウェ... 詳細へ

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CREEDS: Crowd Extracted Expression of Differential Signatures

運用機関: Icahn School of Medicine at Mount Sinai

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 遺伝子、疾患、薬物間の関連性についてのデータベースです。Gene Expression Omnibus (GEO) から得られた大量の遺伝子発現プロファイルを注釈付けし再分析するクラウドソーシングプロジェク... 詳細へ

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MiGD: Mikan Genome Database

運用機関: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構

説明: ミカンゲノムデータベース（Mikan Genome Database: MiGD）はカンキツ育種のためのDNAマーカー開発支援を目的としたゲノムデータベースです。ゲノムブラウザTASUKEを用いて、9種のカンキツの... 詳細へ

AMED Cardiotoxicity Database

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター

生物種: Homo sapiens

説明: AMED Cardiotoxicity Databaseは心臓の拍動に関係するイオンチャンネルに結合して阻害することで心毒性の原因となりうる低分子化合物に関するデータベースです。公共データベースおよびAMED... 詳細へ

微生物有害情報データベース: M-RINDA

運用機関: 独立行政法人製品評価技術基盤機構　バイオテクノロジーセンター

生物種: Bacteria | Fungi

説明: 微生物（細菌・真菌）に関する有害性情報の総合サイトです。微生物（細菌、真菌）の危険度／有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化した「微生物有害情報リスト」（ https://integbio.j... 詳細へ

微生物の迅速同定

運用機関: 独立行政法人製品評価技術基盤機構　バイオテクノロジーセンター

生物種: Bacteria | Fungi

説明: MALDI-TOF MS （マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析計）を用いた微生物の迅速同定（フィンガープリント法）において比較参照とするマススペクトルデータライブラリーの... 詳細へ

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(14日以上)

創薬支援インフォマティクスシステム構築プロジェクト

運用機関: 創薬支援インフォマティクスシステム構築事業

生物種: Homo sapiens | Rattus norvegicus

説明: 薬物動態と毒性（心毒性・肝毒性）予測を行うための総合的なデータベース、ツールのポータルサイトです。オールジャパンでの医薬品創出を支援するための「創薬支援インフォマティクスシステ... 詳細へ

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(14日以上)

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piRBase

運用機関: Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences

説明: PIWI-interacting RNA (piRNA)の機能解析とアノテーションに関するデータベースです。生殖細胞に特異的なイベントに関与するPiwiタンパク質に結合するpiRNAを手動でキュレートし、配列、生物... 詳細へ

PDX Finder: Patients-Derived tumor Xenograft Finder

運用機関: EMBL-EBI, The Jackson Laboratory

生物種: Mus musculus | Homo sapiens

説明: 患者由来腫瘍移植（PDX）マウスモデルのデータベースです。様々な学術研究室、共同研究機関、受託研究機関によって生成、配布されているPDXマウスモデルリポジトリについて、モデル名、腫瘍... 詳細へ

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(3日目)

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LncBook

運用機関: BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences

生物種: Homo sapiens

説明: Long non-coding RNAs (lncRNAs)とオミクスデータ、機能情報、疾患とを関連づけるデータベースです。ヒトのlncRNAデータをGENCODE v27、NONCODE v5.0、LNCipedia v4.1、MiTranscriptome beta... 詳細へ

iProX

運用機関: Beijing Proteome Research Center (BPRC)

生物種: AII

説明: プロテオミクスのデータを登録、共有するための中国におけるレポジトリです。研究で得られた生データの他、プロジェクト名、代表者、生物種、機器、手法、ファイル容量などの情報が収録され... 詳細へ

PreMedKB: Precision medicine knowledgebase

運用機関: 復旦大学

生物種:

説明: 疾患、遺伝子、変異体、薬物、およびこれら4つの要素の相互作用に関する情報を統合するデータベースです。遺伝子の機能、別名、要素の種類、染色体上の位置、疾患の特徴、変異体の変異位置... 詳細へ

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Vesiclepedia

運用機関: La Trobe Institute for Molecular Sciences

生物種: All

説明: 細胞外小胞（Extracellular vesicle ：EV）のデータベースです。生成様式によってエクトソーム、エキソソーム、アポトーシス小体の３種類に分類される細胞外小胞について、内容物（タンパク... 詳細へ

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Stemformatics

運用機関: University of Melbourne

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 幹細胞に関する遺伝子発現のデータベースです。本データベースのデータは、マイクロアレイ、RNA sequencing、single cell profiling法など遺伝子発現を調べた公共の生データから一連の品質管... 詳細へ

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OrthoInspector

運用機関: ICube, Université de Strasbourg

生物種: Eukaryota | Archaea | Bacteria

説明: ３つの生物界（真核生物、古細菌、バクテリア）にわたるタンパク質のオーソログのデータベースです。タンパク質のオントロジー、配列、タンパク質ドメイン、オーソログなどを収録しています... 詳細へ

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MoonDB

運用機関: TAGC, Inserm U1090

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Saccharomyces cerevisiae

説明: 相関関係のない複数の機能を持つ多機能タンパク質やMoonlightingタンパク質のデータベースです。手動でキュレート、または推測された多機能タンパク質について、遺伝子名、機能、UniProtKB I... 詳細へ

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LncACTdb 3.0

運用機関: College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University

生物種: all

説明: ceRNAs (competing endogenous RNAs) の相互作用のデータベースです。手動でキュレート、もしくは予測されたceRNAsについて、ceRNAとなるRNAと、これらと結合するmiRNAの情報、由来生物種や... 詳細へ

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HumanNet: Human gene networks for disease research

運用機関: Network Biomedicine Lab, Yonsei University, Marcotte Lab, University of Texas at Austin

生物種: Homo sapiens

説明: HumanNetはヒト遺伝子ネットワークのためのデータベースです。さまざまなタイプのオミクスデータを統合し、独自のネットワーク推論アルゴリズムによって遺伝子と疾患の関係を提供しています... 詳細へ

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Haemosphere

運用機関: The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 造血細胞における遺伝子発現の研究データベースです。Walter and Eliza Hall Instituteによる研究で得られたデータセットと、公的に入手できる高品質データセットについて、RNA-Seqデータ、... 詳細へ

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GENCODE

運用機関: EMBL Heidelberg

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: GENCODEは、ヒトとマウスの全ゲノムの基本的なリファレンスゲノムアノテーション、およびそのアノテーションを維持・改善するためのツールとデータを提供しています。遺伝子セットは、包括的... 詳細へ

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CADD: Combined Annotation-Dependent Depletion

運用機関: University of Washington

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトゲノムの一塩基バリエーションおよび挿入／欠損による有害性をスコア化するCombined Annotation-Dependent Depletion (CADD)のためのサイトです。CADDはバリアントに様々なアノテーショ... 詳細へ

YeastRGB

運用機関: Weizmann Institute of Science

生物種: Saccharomyces cerevisiae

説明: 出芽酵母タンパク質の細胞内局在と細胞内蓄積量を網羅的に調べたデータベースです。従来法によるC末端のGFPタグ蛍光のデータに加え、SWAp-Tag法により作成されたN末端、C末端に蛍光タンパク... 詳細へ

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VMH: Virtual metabolic human

運用機関: Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB) of the University of Luxembourg

生物種: Homo sapiens | Bacteria

説明: ヒトと腸内細菌の代謝と遺伝子、栄養、疾患を結びつけたデータベースです。マニュアルキュレーションで文献から収集した13,000を超える代謝反応ネットワークを元にした、ゲノムスケールの再... 詳細へ

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(14日以上)

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Victors: Virulence factors

運用機関: University of Michigan Medical School

生物種: Bacteria | Viruses | Parasitus | Fungi

説明: ヒトと動物の病原体における病原因子のデータベースです。病原因子の情報はピアレビューされた出版物から手動キュレーションにより集められました。細菌、寄生虫、菌類の病原因子について、... 詳細へ

UniLectin

運用機関: UniLectin

生物種: All

説明: レクチンのデータベースです。３D構造に基づいた分類（UniLectin3D module）、キュレートされたドメインを元にしたβプロペラドメインの予測（PropLec module）、全てのレクチンクラスの予測... 詳細へ

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MoG+ (モグプラス): マウスゲノム多型情報データベース

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所　バイオリソース研究センター　統合情報開発室

生物種: Mus musculus

説明: 実験マウス系統のゲノム多型情報データベースです。汎用される古典的な近交系マウス系統（西ヨーロッパ亜種；M. m. domesticus由来C57BL / 6Jなど）と、日本で確立された近交系マウス系統（J... 詳細へ

BioResource MetaDatabase（バイオリソースメタデータベース）

運用機関: 特定国立研究開発法人理化学研究所

生物種: All

説明: 理化学研究所が管理する生物遺伝資源（バイオリソース）のメタデータに関するデータレポジトリです。マウス、植物、細胞、遺伝子、微生物に関する各バイオリソースと「農業環境エンジニアリ... 詳細へ

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Trips-Viz

運用機関: University College Cork

説明: Trips-vizは、リボソームプロファイリング (Ribo-Seq) データについて様々な可視化ツールを備えたデータベースです。公的に利用できるリボソームプロファイリングデータとRNA-seqデータセッ... 詳細へ

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(3日目)

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SymMap

運用機関: Beijing University of Chinese Medicine

生物種: Homo sapiens

説明: 漢方薬と近代医学とを関連付けたデータベースです。漢方薬の名称、中国名、抽出される分子的成分、伝統的な漢方で使われる症状用語、近代医学の症状用語、疾患名、漢方薬の有効対象となる遺... 詳細へ

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SSRome

運用機関: Agricultural Genetic Engineering Research Institute

生物種: All

説明: マイクロサテライトのデータベースです。生物種ごとにさまざまなSSRやマイクロサテライトマーカーの配列を収集しています。種名と繰り返しの型を指定すると、primer IDごとに、SSRのある配列... 詳細へ

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SEdb: The comprehensive human Super-Enhancer database

運用機関: Harbin Medical University

生物種: Homo sapiens

説明: 細胞特異的遺伝子発現制御に重要だとされているsuper-enhancerについての包括的なデータベースです。ENCODE、Roadmap、NCBI GEO/SRA、GGRに収録されたサンプルから集められたスーパーエンハ... 詳細へ

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(3日目)

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RNAct

運用機関: Centre for Genomic Regulation (CRG)

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomycotina

説明: モデル生物におけるタンパク質–RNA相互作用のデータベースです。実験データもしくはSONAR やcatRAPID (protein–RNA interaction prediction algorithm)による予測から得られたタンパク質–RNA... 詳細へ

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RetroRules

運用機関: INRA

生物種: All

説明: 酵素−基質特異性に基づいた生化学反応の法則（ルール）のデータベースです。初期反応、代謝物、EC番号、酵素配列を相互に関連付けています。ルールはSMARTS (SMIRKS) 形式で記述しています。... 詳細へ

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qPhos

運用機関: Sun Yat-sen University Cancer Center

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトの組織や細胞におけるタンパク質のリン酸化に関するデータベースです。文献からさまざまな状況下にあるタンパク質リン酸化のデータセットを抽出し、UniProt、HPRD release 9、dbPTMなど... 詳細へ

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PopHumanScan

運用機関: Institut de Biotecnologia i de Biomedicina, Universitat Autònoma de Barcelona

生物種: Homo sapiens

説明: 人類の環境適応に応じたゲノム変異についてのデータベースです。1000 Genomes Project により得られた配列データ（SNP等）を種々の方法で解析し、染色体位置、遺伝子名、ハプロタイプ検出（... 詳細へ

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PLSDB

運用機関: Saarland University

生物種: Bacteria

説明: NCBI nucleotide database から取得したバクテリアプラスミドの配列とメタデータを整理したデータベースです。各レコードには配列長、トポロジー、分類学的情報のような種々のパラメータを付... 詳細へ

pATLAS: Plasmid Atlas

運用機関: Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa

生物種: All

説明: NCBI RefSeqに登録されているプラスミドとそのメタデータを検索できるデータベースです。プラスミド名、生物種、抗生物質耐性、病原性、プラスミドファミリー、配列長、類似性による検索が可... 詳細へ

CADS: Catalyst Acquisition by Data Science

運用機関: 触媒インフォマティクスプロジェクト

生物種:

説明: 触媒開発のためのデータプラットフォームです。データや分析結果を共同研究者と共有するためのデータレポジトリ、データ分析や機械学習モデル選択に利用できる視覚化ツール（散布図、ヒスト... 詳細へ

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pEVE: predicted endogenous viral elements in eukaryotic genomes

運用機関: 東海大学医学部

生物種: Eukaryota | Viruses

説明: 真核生物ゲノム内に存在するウイルスゲノム様配列（endogenous viral element：EVE）の予測データベースです。GenomeSync databaseから得られた真核生物およびウィルスのゲノムの配列につい... 詳細へ

日本モンキーセンター霊長類脳標本画像レポジトリ

運用機関: 公益財団法人日本モンキーセンター

説明: 日本モンキーセンターが所蔵する霊長類の脳標本の高解像度MRI撮像データレポジトリです。各標本について、和名、学名、分布域などの種情報、標本の個体情報、撮像条件、9.4テスラのMRIにより... 詳細へ

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Collagenseq: Collagen reference database

運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構　NBDC事業推進部

説明: I型コラーゲンをコードする遺伝子配列のレファレンスデータベースです。複数の生物種について、学名、英語名、タキソノミーID、他DBへのリンク、Ⅰ型コラーゲン相同領域のアミノ酸配列を収録... 詳細へ

LncRRIsearch

運用機関: 産総研・早大生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: long non-coding RNA(lncRNA)-mRNAまたはlncRNA-lncRNA間の相互作用の網羅的な予測をするためのウェブサーバーです。予測されるローカルな塩基対相互作用について、クエリとターゲットの情報... 詳細へ

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CistromeDB: Cistrome Data Browser

運用機関: Cistrome Project

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: 公開されているChIP-seqやDNase-seqのデータセットのポータルブラウザーです。生物種、文献の情報等データセットについて手動でキュレーションされた情報、各サンプルを均一なパイプラインで... 詳細へ

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CYCLoPs: Collection of Yeast Cell and Localization Patterns

運用機関: University of Toronto

生物種: Saccharomyces cerevisiae

説明: 出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeタンパク質の局在と蓄積量に関するデータベースです。さまざまな化学物質や変異体について処理した酵母ORF-GFPコレクションのタンパク質局在および存在量... 詳細へ

YeastGFP: Yeast GFP Fusion Localization Database

運用機関: Stanford University

生物種: Saccharomyces cerevisiae

説明: 出芽酵母 Saccharomyces cerevisiaeにおけるタンパク質局在化研究のためのデータベースです。GFPもしくはTAPでタグ付けしたタンパク質発現株のコレクションを対象とし、細胞質と核内に分けた... 詳細へ

NGS-QC: Next Generation Sequencing Quality Control Generator

運用機関: Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology

説明: NGS-QC databaseはChIP-seqおよびターゲットエンリッチメントNGSデータのquality control (QC)情報を集めたデータベースです。GEOなどの公開データベースから8万件以上のデータセットを格納... 詳細へ

Factorbook

運用機関: University of Massachusetts Medical School

生物種: Homo sapiens | Mus musculus

説明: FactorbookはENCODEに登録されているChIP-seqデータより得られた、転写因子とその結合領域に関する情報を提供する、Wiki形式のデータベースです。ホームページには転写因子と細胞株におけるC... 詳細へ

食品メタボロームレポジトリ

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所, 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所

生物種:

説明: 主要な食品に含まれる成分を液体クロマトグラフィー−質量分析（LC-MS）によりメタボローム解析したデータベースです。日本食品標準成分表2015年版（七訂）に含まれる約2000品目（調理方法の... 詳細へ

FMODB

運用機関: FMODD Consortium

生物種: All

説明: タンパク質に対する量子化学計算値データベースです。フラグメント分子軌道法（FMO法）によるIFIE、PIEDAや電荷などの各種計算値を収録しており、タンパク質‐リガンド複合体構造に対するFMO... 詳細へ

Remudy

運用機関: 国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センター

生物種: Homo sapiens

説明: 難治性神経・筋疾患の患者情報登録サイトです。ジストロフィノパチー、縁取り空胞を伴う遠位型ミオパチー、筋強直性ジストロフィー、先天性筋疾患、福山型筋ジストロフィー、ミトコンドリア... 詳細へ

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