検索結果 - Integbio データベースカタログ

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ センター

生物種: All

説明: BioSample は実験データを得るために使われた生物試料 (サンプル) についての情報を管理するデータベースです。データは DDBJ，EBI と NCBIのBioSample データベース間で共有されます。生物... 詳細へ

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gnomAD: Genome Aggregation Database

運用機関: Genome Aggregation Database Consortium

生物種: Homo sapiens

説明: 大規模シーケンスプロジェクトから得られた、エクソーム、ゲノムシーケンスのデータベースです。さまざまな疾患特異的および集団遺伝学研究の一部として配列決定された個人からのエクソーム... 詳細へ

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HPO: Human Phenotype Ontology

運用機関: The Jackson Laboratory

生物種: Homo sapiens

説明: The Human Phenotype Ontology (HPO) はヒトの疾患に関連する形質の標準化された語彙を提供しています。医学論文、Orphanet、DECIPHER,やOMIMを基に開発されており、疾患と関連する形質の語... 詳細へ

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ChEMBL

運用機関: EMBL-EBI

生物種:

説明: ChEMBLは創薬を目的とした生理活性をもつ化合物や小分子のデータベースです。化合物、核酸などの小分子と、そのターゲットやアッセイ情報を紐付けて収載しています。化合物や小分子の名称、... 詳細へ

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Plant GARDEN: Plant Genome And Resource Database ENtry

運用機関: 公益財団法人かずさDNA研究所

生物種: Viridiplantae

説明: さまざまな植物のゲノムやマーカー情報を集めたポータルサイトです。ゲノム配列、マーカー（SSR, CAPS, SCARなど）、Bio Sample、アノテーション（gff/gff3）、遺伝子（cds/gene）、転写物（... 詳細へ

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GlyCosmos Portal

運用機関: GlyCosmos Portal

生物種:

説明: 日本糖質学会による公式ポータルサイトです。糖タンパク質や糖脂質、分子構造、パスウェイ、疾患に関連するリポジトリやデータベースの情報をリンクしています。 GlyTouCan（糖鎖構造レポジ... 詳細へ

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Omics Discovery Index: OmicsDI

運用機関: European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Center for Protein Sciences

生物種: All

説明: 複数のレポジトリからのオミックスデータ（トランスクリプトミクス、ゲノミクス、プロテオミクス、メタボロミクス）を統合し、検索を可能にしたリソースです。ArrayExpress、PRIDE、MassIVE... 詳細へ

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PubMed Central: PMC

運用機関: National Center for Biotechnology Information (NCBI)

生物種: All

説明: 米国国立衛生研究所（NIH：National Institutes of Health）が運営する、生物医学・生命科学雑誌に掲載された文献のデジタルアーカイブです。詳細へ

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HUGO Gene Nomenclature Committee: HGNC

運用機関: Human Genome Organisation (HUGO), Transforming Genetic Medicine Initiative

生物種: Homo sapiens

説明: HGNCデータベースは、HGNC (HUGO Gene Nomenclature Comittee) が既知のヒトの遺伝子ごとに承認した全ての遺伝子名と短縮名（シンボル）を収録しています。HGNC承認の遺伝子命名法、遺伝子情... 詳細へ

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Bgee DataBase for Gene Expression Evolution: Bgee

運用機関: BGEE administrators

説明: 複数のデータタイプ（bulk RNA-Seq、scRNA-Seq、Affymetrix、in situ ハイブリダイゼーション、および EST データ）から作成された複数の動物種の遺伝子発現パターンを検索･比較するためのデ... 詳細へ

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TogoVar: 日本人ゲノム多様性統合データベース

運用機関: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)

生物種: Homo sapiens

説明: TogoVar（日本人ゲノム多様性統合データベース）は、日本人ゲノム配列の個人による違い（バリアント）とそれに関係する疾患情報などを収集・整理したデータベースです。TogoVarは、研究プロ... 詳細へ

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MGeND: Medical genomics Japan Variant Database

運用機関: 国立研究開発法人国立国際医療研究センター

生物種: Homo sapiens

説明: 日本人の臨床データと遺伝子変異データとを結びつけて収集・公開するオープンアクセスのデータベースです。「がん」「希少・難治性疾患」「感染症」「認知症」「難聴」の疾患領域を対象とし... 詳細へ

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PubCaseFinder

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種: Homo sapiens

説明: 希少疾患と症状のデータベースです。希少疾患に関連する症例報告を収集し、各症例報告に含まれる症状、遺伝子名、変異情報などを利用して、患者の症状や変異と関連例の高い症例報告を効率よ... 詳細へ

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FAIRsharing.org

運用機関: FAIRsharing

生物種:

説明: 生命科学、環境科学、バイオメディカル分野を中心としたデータ共有のためのレジストリサイトです。2017年7月に前身であるbiosharing.orgからFAIRsharing.orgへ変更され、カバー範囲をサイエ... 詳細へ

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jPOST: Japan ProteOme STandard Repository/Database

運用機関: jPOSTプロジェクト

生物種: All

説明: 本DBは、国内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、データベース化したもので、多彩な生物種の翻訳後修飾や絶対発現量等の情報まで網羅したプロテオーム統合... 詳細へ

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ChIP-Atlas

運用機関: 九州大学大学院医学研究院, 情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Saccharomyces cerevisiae

説明: 論文などで報告された ChIP-seq データの可視化と解析を行うサイトです。公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データをデータソースとしてい... 詳細へ

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東北メディカル・メガバンク計画バイオバンク試料・情報関連ウェブサイト

運用機関: 東北大学東北メディカル・メガバンク機構

生物種: Homo sapiens

説明: 宮城県および岩手県を中心とした東北大震災の被災地を含む地域に住む健常者を対象として健康調査を実施するとともに、協力者の生体試料、健康情報、医療情報等を収集したバイオバンクの情報... 詳細へ

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jMorp: Japanese Multi Omics Reference Panel

運用機関: 東北大学東北メディカル・メガバンク機構

生物種: Homo sapiens

説明: 東北メディカル・メガバンクの行うコホート調査に参加した日本人500人分の血漿についての多層オミックスデータベースです。被験者の基本情報、血漿に含まれる代謝物やタンパク質の組成・分布... 詳細へ

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ClinVar

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトゲノムの多様性と関連する疾患についての情報を収集し、自由に利用できるアーカイブとして提供しているデータベースです。多型の位置、遺伝子名、疾患との関わりなどを収録しています。... 詳細へ

休止
(14日以上)

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FLYBRAIN

運用機関: Flybrain Database Consortium

生物種: Drosophila melanogaster

説明: ショウジョウバエ脳神経系の解剖学的画像データベースです。各種分子マーカーによる染色像と解説を提供しています。このアトラスの初心者から専門家まで、階層的に使い方に見合った情報が得... 詳細へ

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超絶高速ゲノム配列検索 GGGenome

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: 塩基配列を高速に検索するサイトです。数塩基のミスマッチ、挿入、欠失を許容した配列の検索が可能です。検索結果はHTMLのほか、タブ区切りテキスト、JSONなど様々なフォーマットで取得でき... 詳細へ

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NBDCヒトデータベース

運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構　NBDC事業推進部

生物種: Homo sapiens

説明: 本サイトはヒトに関する様々なデータを共有するためのプラットフォームです。次世代シークエンサーをはじめとした解析技術の発達に伴い産生されつつある膨大な量のヒト関連データを整理・格... 詳細へ

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ライフサイエンス領域融合レビュー: Leading Author’s

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: 生命科学において注目される分野/学問領域について、第一線の研究者の執筆による日本語レビューを公開するサービスです。2019年1月23日をもって新規レビューの追加は終了しましたが、公開済... 詳細へ

運用終了

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SNP control database

運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構　バイオサイエンスデータベースセンター

生物種: Homo sapiens

説明: 数十万から数百万のSNPチップを用いて解析した健常者のアリル・遺伝子型頻度の情報とハーディーワインバーグ平衡検定値を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データ... 詳細へ

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KEGG MEDICUS

運用機関: 京都大学　化学研究所　附属バイオインフォマティクスセンター

生物種: Homo sapiens

説明: ヒトゲノム、病原体ゲノム、腸内細菌メタゲノムをはじめとしたゲノムの情報と疾患との関連、および医薬品の作用・副作用との関連が知識ベース化され、ゲノム解読と有効利用を促進する統合リ... 詳細へ

休止
(14日以上)

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MicrobeDB.jp

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所

生物種: Bacteria | Archaea

説明: 本DBは，微生物に関する多種多様な情報を遺伝子・系統・環境の3つの軸に沿って整理統合し，セマンティックWeb技術を利用して単一の検索ウィンドウからそれらの情報を検索可能な統合DBです。詳細へ

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TargetMine

運用機関: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所

生物種:

説明: 創薬支援のための統合データウェアハウスです。16 個の公共データベースからのデータを統合し、タンパク質立体構造や医薬品関係データ、タンパク質相互作用や転写因子制御データなどの統合的... 詳細へ

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統合遺伝子検索GGRNA

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: キーワードから遺伝子を簡単に検索できるGoogleライクな検索エンジンです。塩基配列やアミノ酸配列情報を入力し高速に検索することも可能です。詳細へ

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DBCLS SRA: Survey of Read Archives

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: SRA, ENA, DRAに登録された次世代シークエンサからの出力データを対象とした目次を提供しています。具体的にはデータ生産の目的、プラットフォームの種類、生物種別に登録情報を閲覧、検索す... 詳細へ

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Gendoo: Gene. Disease Features Ontology-based Overview System

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: 遺伝子について関連する疾患、薬剤、臓器、生命現象などの特徴をキーワード (MeSH用語)で関連性の度合いとともに示したデータベースです。興味のある疾患名称やOMIM IDから関連する遺伝子の... 詳細へ

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RefEx: Reference Expression Dataset

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種: Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus

説明: ヒトやマウスなどを対象に、異なる手法 (EST、Gene Chip、CAGE、RNA-seq)により取得された臓器/組織別の遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で標準となるリファレンスと... 詳細へ

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DRA: DDBJ Sequence Read Archive

運用機関: 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ センター

生物種: All

説明: DRAは次世代シークエンサからの出力データの登録及び登録されたデータの検索のためのデータベースです。NCBIのSRA、EBIのERAとの国際協力のもとDDBJにより運営されています。従来のキャピラ... 詳細へ

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OReFiL: Online Resource Finder for Lifesciences

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: 論文中に記述される、オンライン上に公開されいてる生命科学系データベースやソフトウェアなどを検索するシステムです。MeSH用語や著者名での検索も可能です。詳細へ

運用終了

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TogoProt

運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構　NBDC事業推進部

生物種:

説明: 蛋白質関連データベース統合検索システムです。キーワード検索によりまずメニューに蛋白質のファミリー名のリストが表示されます。メニューから目的の蛋白質またはファミリーを選ぶとその蛋... 詳細へ

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生命科学データベース横断検索

運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構　NBDC事業推進部

生物種:

説明: 国内外に散在する生命科学分野のデータベースを、特許や文献情報とあわせて一括して検索できるサービスです。キーワードによる検索や、生物種リスト、更新時期による絞り込み、対象とするデ... 詳細へ

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KNApSAck Family

運用機関: 奈良先端科学技術大学院大学

生物種: Embryophyta | Homo sapiens | Arabidopsis | Bacillus

説明: 二次代謝産物データベースKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、Bacillus、Humanが公開されています。タンパク質の金属イオン結合部... 詳細へ

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生命科学系データベースカタログ (アーカイブ)

運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構　NBDC事業推進部

生物種:

説明: 生命科学系データベースの情報（URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種）を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベースです。2013年7月29日をもってバイオサイ... 詳細へ

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HMDB: Human Metabolome Database

運用機関: University of Alberta

生物種: Homo sapiens

説明: ヒト体内における低分子代謝物の詳細情報を収集したデータベースです。メタボロミクスや臨床化学、バイオマーカー探索、教育分野で活用されることを目的に構築しており、化学データ、臨床デ... 詳細へ

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Human Protein Atlas

運用機関: Uppsala University

生物種: Homo sapiens

説明: 様々な種類のヒトの器官、組織、細胞におけるタンパク質の発現および局在に関するデータベースです。蛍光抗体イメージング、質量分析に基づくプロテオミクス、網羅的な遺伝子発現解析による... 詳細へ

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AcEST: Adiantum capillus-veneris EST

運用機関: 首都大学東京

生物種: Adiantum capillus-veneris

説明: ホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)のEST配列データ約3万件に2次情報を追加したデータベースです。これまで、様々な植物ゲノム解析が進められていますが、陸上植物(種子、シダ、コケ植... 詳細へ

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BodyParts3D

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種: Homo sapiens

説明: 解剖学用語が示す人体の部品（臓器、器官）の位置と形状を３次元人体モデルで記述したデータベースです。人体３次元モデルが無償利用できるのが最大の特徴です。臓器の３次元的位置や形状を... 詳細へ

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統合TV

運用機関: 情報・システム研究機構　ライフサイエンス統合データベースセンター

生物種:

説明: 統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)が発信するデータベース(DB)やツールの使い方を紹介した動画コンテンツです。詳細へ

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生物アイコン

運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構　NBDC事業推進部

生物種:

説明: 真正細菌から動植物を含む200種類以上の生物種のアイコン（イラスト）集です。ダウンロードしたアイコンを自由に改変・使用することができます。現在の収録数は220件です。詳細へ

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WINGpro

運用機関: 国立研究開発法人科学技術振興機構　バイオサイエンスデータベースセンター

生物種:

説明: ライフサイエンス分野のデータベースについての情報が収集、整理、分類されており、現在のところ約417件の記事が存在します。ディレクトリからは、データベースの構築法による分類と生物種お... 詳細へ

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tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts

運用機関: 新潟大学工学部情報工学科

生物種: Bacteria | Archaea | Viruses

説明: 3種類のtRNA遺伝子予測プログラム（tRNAScan-SE、Aragorn、tRNAfinder）を用いて、塩基配列の解読された原核生物や真核生物のゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、その結果を収録してい... 詳細へ

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TAIR: The Arabidopsis Information Resource

運用機関: Ohio State University

生物種: Arabidopsis thaliana

説明: シロイヌナズナについて、ゲノム、遺伝子、分子生物学的データなどを包括的に収集したデータベースです。注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、... 詳細へ

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STRING: Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins

運用機関: STRING開発チーム

生物種: Bacteria | Archaea | Eukaryota | Viruses

説明: タンパク質相互作用情報のデータベースです。相互作用は既知のものと推定のものがあり、直接的（物理的）および間接的（機能的）関係が含まれています。情報源は高スループット実験や共発現... 詳細へ

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SRA: Sequence Read Archive

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種: All

説明: 次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。現在扱っているプラットフォームは454(ロシュ)、Genome Analyzer(イルミナ)、SOLiD(アプライドバイオシステムズ)、Heliscope(ヘ... 詳細へ

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PubChem Substance

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: PubChem Substanceは、出版社、研究者、化学ベンダー、製薬会社、および多くの重要なケミカルバイオロジーリソースをもつ研究者によって提供された化学物質とその生物活性に関する情報のオー... 詳細へ

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PubChem Compound

運用機関: National Center for Biotechnology Information

生物種:

説明: 化合物名や分子量、CompoundIDなどで化合物の情報を検索することができるサイトです。医薬品名やその効能、LogP値などの物性値も掲載されています。また、類似構造を持つ別の化合物の検索も... 詳細へ

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